Rödklöver nekrotisk mosaik virus translation enhancer element
| 3'TE-DR1 translation enhancer element | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur för 3'TE-DR1 translation enhancer element i RCNMV
| |
| Identifiers | |
| Symbol | RNA1 |
| Rfam | RF01453 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg |
| Domän(er) | Tombusviridae |
| PDB- strukturer | PDBe |
| 5'UTR-förstärkarelement | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur för 5'UTR-förstärkarelementet i RCNMV-
| |
| identifierare | |
| Symbol | RNA1 |
| Rfam | RF01454 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg |
| Domän(er) | Tombusviridae |
| PDB- strukturer | PDBe |
Rödklöver nekrotisk mosaikvirus (RCNMV) innehåller flera strukturella element som finns i de 3′ och 5′ otranslaterade regionerna (UTR) av genomet som förbättrar translationen . I eukaryoter transkription en förutsättning för översättning . Under transkription är pre-mRNA-transkriptet processer där ett 5'-lock fästs på mRNA och detta 5'-lock möjliggör ribosommontering på mRNA eftersom det fungerar som ett bindningsställe för den eukaryota initieringsfaktorn eIF4F. När eIF4F är bundet till mRNA:t interagerar detta proteinkomplex med det poly(A)-bindande proteinet som finns i 3′ UTR och resulterar i mRNA-cirkularisering. Detta multiprotein-mRNA-komplex rekryterar sedan ribosomsubenheterna och skannar mRNA:t tills det når startkodonet. Transkription av virala genom skiljer sig från eukaryoter eftersom virala genom producerar mRNA-transkript som saknar ett 5' cap-ställe. Trots att de saknar ett lock-ställe innehåller virala gener ett strukturellt element inom 5' UTR känt som ett internt ribosominträdesställe (IRES). IRES är ett strukturellt element som rekryterar 40-talets ribosomsubenhet till mRNA:t i närheten av startkodonet.
RCNMV innehåller ett genom som kodar för två positiva sense-RNA-strängar kända som RNA1 och RNA2 och båda dessa RNA-strängar saknar en 5'-kapsel och en 3'-poly(A)-svans. RNA1 krävs vid replikering eftersom det kodar för RNA-replikaskomponenter. Detta RNA innehåller strukturella element inom 3' och 5' UTR som åstadkommer cap-oberoende translation. Till skillnad från RNA1, kodar RNA2 för ett rörelseprotein (MP) och mRNA för RNA2 innehåller inga strukturella element inom UTR som kan åstadkomma cap-oberoende translation. Översättningen av mRNA från RNA2 är kopplad till RNA2-replikation. [ citat behövs ]
RNA1 innehåller flera strukturella element inom sina oöversatta regioner (UTRs) som möjliggör cap-oberoende translation. 3′ UTR innehåller ett translationsförstärkarelement, 3′TE-DR1, som åstadkommer capoberoende translation (ett Cap-oberoende translationselement ) och förutspås ha 5 stamslingstrukturer . För att 3'TE-DR1 ska ha en effekt på translation visades det att både specifika sekvenser och strukturer måste finnas inom 5'UTR av RNA1. 5'UTR visades innehålla fyra stamslingastrukturer där alla dessa sekundära strukturer bidrar till att påverka translationen effektivt. Stamloop1 har visat sig vara den viktigaste sekundära strukturen inom 5′UTR eftersom mutation eller borttagning av denna stamslingastruktur avsevärt minskar translationseffektiviteten och denna effekt kan övervinnas genom kompensatoriska mutationer. [ citat behövs ]
De sekundära strukturerna inom 5'UTR visade sig också spela en roll i RNA-stabilitet. Avlägsnande av den sekundära strukturen korrelerade med en minskning av RNA-stabilitet. En möjlig förklaring till detta är att den sekundära strukturen kan skydda RNA från 5′–3′ exonukleasaktivitet . I RNA1 krävs både strukturella element inom 3' och 5' UTR för att translation ska ske eftersom 3'UTR innehåller translationsförstärkarelementet och 5'UTR innehåller strukturer som hjälper till att rekrytera translationsfaktorer men som också verkar för att öka RNA-stabiliteten. [ citat behövs ]
3'UTR av RNA2 innehåller ett Y-format Cap-oberoende translationselement. Denna struktur och flera nedströms stam-loopar krävs för syntes av den negativa strängen RNA.