Pseudo K-tupel nukleotidsammansättning

tupel nukleotidkompositionen eller PseKNC , utökades från Chous Pseudo aminosyrasammansättning (PseAAC). Både PseAAC och PseKNC är av vektordeskriptor, men den förra representerar protein- eller peptidsekvenser medan den senare representerar DNA- eller RNA -sekvenser.

För att undvika att fullständigt förlora informationen om sekvensordning för protein- och peptidsekvenser föreslogs PseAAC av Kuo-Chen Chou . För att ta itu med problemet med DNA- och RNA-sekvenser föreslogs pseudo-K-tupelnukleotidsammansättningen eller PseKNC . För den bekvämlighetsvetenskapliga gemenskapen utvecklades en fritt tillgänglig webbserver som heter PseKNC och ett paket med öppen källkod som heter PseKNC-General under 2013 respektive 2014, som kunde omvandla storskaliga sekvensdatauppsättningar till pseudo-nukleotidkompositioner med många val av fysikalisk-kemiska egenskapskombinationer . PseKNC-General kan generera flera sätt av pseudonukleotidkompositioner, inklusive konventionella k-tupelnukleotidkompositioner, Moreau-Broto autokorrelationskoefficient, Moran autokorrelationskoefficient, Geary autokorrelationskoefficient, Typ I PseKNC och Typ II PseKNC.

Liksom PseAAC i beräkningsproteomik och proteomanalys har PseKNC också använts alltmer i beräkningsgenomik och utför olika genomanalyser .