Primer Premier
| Utvecklare | Premier Biosoft |
|---|---|
| Stabil frisättning | 6.24 |
| Operativ system | Windows, Mac OS X |
| Typ | Bioinformatik |
| Licens | kommersiell |
| Hemsida | http://www.premierbiosoft.com |
Primer Premier -mjukvaran kombinerar design av primers för olika PCR-applikationer under en gemensam plattform. Mjukvaran stöder design av degenererade primrar på anpassningar för att amplifiera en relaterad uppsättning nukleotidsekvenser för att detektera många gemensamma egenskaper bland organismer och för att bestämma ärftlighet.
Programvaran designar också taggade och kapslade primrar för multiplexa PCR- reaktioner.
Primer Premier-mjukvaran stöder motivanalys och ORF-sökning tillsammans med att hitta restriktionsklippsställen på nukleotidsekvensen.
Programvaran har en inbyggd nukleotid-protein- och protein-nukleotidsekvensöversättare som kan användas för att designa degenererade primrar för kodon som kodar för flera aminosyrasekvenser. Det är också underförstått att primers designade av Primer Premier är effektiva och bekräftar designriktlinjerna för design av primers för hushållsgener med hög G+C %.
Programvaran designar också primers för att flankera exoner och introner i en gen, även om det inte nämns på den officiella Primer Premier-sidan på Premier Biosofts webbplats.
Programvaran beräknar hårnålsstrukturens stabilitet och har använts för att studera dess effekt på PCR-förstärkning.
Konkurrenter
Det finns många andra program som designar primers för PCR-reaktionen. Några av dem är listade nedan:
- Genialiskt
- Primer3
- DNASTARs produkter som SeqBuilder och PrimerSelect
- AlleleID (tillverkat av samma företag som Primer Premier)
- PrimerX (för platsriktad mutagenes )
- GenomePride
- OLIGO