Fenolextraktion
Fenolextraktion kan hänvisa till processen att extrahera och isolera fenoler från råvaror, såsom stenkolstjära . Dessa renade fenoler används i många industriella och medicinska föreningar och används som prekursorer i vissa syntesreaktioner .
Fenolextraktion kan också hänvisa till ett laboratorieförfarande för att rena nukleinsyraprover med hjälp av en fenollösning.
Nukleinsyraextraktion med fenol
En blandning av Tris - Etylendiamintetraättiksyra (TE) och fenol kombineras med en lika stor volym av ett vattenhaltigt DNA- och RNA-prov. Efter omrörning och centrifugalseparation isoleras det vattenhaltiga skiktet och extraheras med eter . DNA:t koncentreras sedan genom etanolfällning .
Fenolextraktionstekniken används ofta för att rena råprover av nukleinsyror tagna från celler . För att få nukleinsyraprover måste cellen lyseras och nukleinsyrorna separeras från allt annat cellmaterial. Fenol är en användbar förening för att bryta ner överflödiga cellmaterial som annars skulle kontaminera nukleinsyraprovet.
Fenol är opolär och har en högre densitet än vatten (1,07 g/cm 3 jämfört med vattnets 1,00 g/cm 3 ). I en vatten-fenollösning denaturerade proteiner och andra oönskade cellkomponenter att lösas i fenolen, medan de polära nukleinsyrorna kommer att lösas i vattnet. Lösningen kan sedan centrifugeras för att separera fenolen och vattnet i distinkta organiska och vattenhaltiga faser. Vattenfasen, innehållande de renade nukleinsyrorna, kan sedan extraheras.
Fenol används ofta i kombination med kloroform . Tillsats av kloroform tillsammans med fenol säkerställer en tydlig separation mellan vattenfasen och den organiska fasen. Kloroform och fenol är blandbara och blandas för att bilda en tätare lösning än enbart fenol, vilket gör det mer troligt att de organiska och vattenhaltiga skikten separeras och bildar distinkta faser. Det finns också mindre korskontaminering från den organiska fasen till den vattenhaltiga fasen. Detta är användbart när vattenfasen avlägsnas från lösningen för att erhålla ett rent nukleinsyraprov.
För att fenolextraktion ska vara effektiv måste lösningens pH justeras efter vad som extraheras. Vid DNA-rening används ett pH på 7,0–8,0. Om ett experiment syftar till att få prover av renat RNA , används ett pH på runt 4,5. På grund av den negativa laddningen på ryggraden av DNA från de anslutna fosfatgrupperna , kommer sänkning av pH-värdet i en lösning att leda till neutralisering. Vid pH 4,5 vätejoner de negativa laddningarna på fosfatgrupperna och får DNA:t att lösas upp i den organiska fasen, vilket gör att RNA kan isoleras av sig självt i vattenfasen.