Peroxiredoxin klassificeringsindex

PREX
Innehåll
Beskrivning	databas med tilldelningar av underfamiljer över den olika peroxiredoxinfamiljen .
Kontakt
Forskningscenter	Wake Forest University
Laboratorium	Institutionen för biokemi
Författare	Laura Soito, Leslie Poole, Kimberly Nelson, Stacy Knutson, Jacquelyn Fetrow
Primärt citat	Soito & al. (2011)
Utgivningsdatum	2010
Tillgång
Hemsida	http://www.csb.wfu.edu/prex/

PeroxiRedoxin klassificeringsindex ( PREX ) är en databas med peroxiredoxiner (Prxs) klassificerade i en av sex distinkta underfamiljer. Klassificeringen bygger på Deacon Active Site Profiling (DASP)-metoden som använder en positionsspecifik poängmatris (PSSM) skapad från justerade signaturer (byggda från sekvensfragment som omger aktiva platser för strukturellt karaktäriserade Prx-gruppmedlemmar) för att söka i sekvensdatabaser. Sökningar av PREX efter Prxs av intresse kan utföras med hjälp av proteinanteckningar, accessionsnummer, PDB ID, organismnamn eller proteinsekvens (med BLAST) för Prx-proteiner extraherade från januari 2008, november 2010 eller oktober 2011 versioner av GenBank (över 8000 validerade Prx-sekvenser representerade). Utdata inkluderar den underfamilj som varje klassificerad Prx tillhör, accessions- och GI-nummer, släkte och art, och den aktiva platssignaturen som används för klassificering. Frågesekvensen presenteras också i linje med en utvald grupp av Prxs för manuell utvärdering och tolkning av användaren. Denna resurs är fritt tillgänglig för forskarvärlden.

Se även

Peroxiredoxin

^ ^a ^b Soito, Laura; Williamson Chris; Knutson Stacy T; Fetrow Jacquelyn S; Poole Leslie B; Nelson Kimberly J (januari 2011). "PREX: PeroxiRedoxin-klassificeringsindex, en databas med underfamiljtilldelningar över den olika peroxiredoxinfamiljen" . Nucleic Acids Res . England. 39 (Databasproblem): D332-7. doi : 10.1093/nar/gkq1060 . PMC 3013668 . PMID 21036863 .
^ Fetrow, Jacquelyn S. (2006-07-01). "Aktiv platsprofilering för att identifiera proteinfunktionella platser i sekvenser och strukturer med hjälp av Deacon Active Site Profiler (DASP)". Aktuella protokoll inom bioinformatik . Kapitel 8: 8.10.1–8.10.16. doi : 10.1002/0471250953.bi0810s14 . ISSN 1934-340X . PMID 18428769 .

externa länkar

http://www.csb.wfu.edu/prex/

[pmid21036863-1] Soito, Laura; Williamson Chris; Knutson Stacy T; Fetrow Jacquelyn S; Poole Leslie B; Nelson Kimberly J (januari 2011). "PREX: PeroxiRedoxin-klassificeringsindex, en databas med underfamiljtilldelningar över den olika peroxiredoxinfamiljen" . Nucleic Acids Res . England. 39 (Databasproblem): D332-7. doi : 10.1093/nar/gkq1060 . PMC 3013668 . PMID 21036863 .

[2] Fetrow, Jacquelyn S. (2006-07-01). "Aktiv platsprofilering för att identifiera proteinfunktionella platser i sekvenser och strukturer med hjälp av Deacon Active Site Profiler (DASP)". Aktuella protokoll inom bioinformatik . Kapitel 8: 8.10.1–8.10.16. doi : 10.1002/0471250953.bi0810s14 . ISSN 1934-340X . PMID 18428769 .