PHOSIDA
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | posttranslational modifieringsdatabas . |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | Max-Planck-institutet för biokemi |
| Laboratorium | Institutionen för proteomik och signaltransduktion |
| Författare | Florian Gnad |
| Primärt citat | Gnad & al. (2011) |
| Utgivningsdatum | 2009 |
| Tillgång | |
| Hemsida | http://www.phosida.com |
PHO - sphoryleringen SI te DA - tabas PHOSIDA integrerar tusentals högsäkerhetsfosfositer in vivo identifierade i olika arter på basis av masspektrometriteknik . För varje fosfosit listar PHOSIDA matchande kinasmotiv , förutspådda sekundära strukturer, konserveringsmönster och dess dynamiska reglering vid stimulans eller andra behandlingar såsom kinashämning, till exempel. Det inkluderar fosfoproteomer av olika organismer, allt från eukaryoter som människa och jäst till bakterier som Escherichia coli och Lactococcus lactis . Till och med fosfoproteomet från en arkeisk organism, nämligen Halobacterium salinarium , är tillgänglig. Integreringen av fosfoproteomer identifierade i organismer, som täcker det fylogenetiska trädet representativt, gör det möjligt att undersöka fosforyleringshändelser från en global synvinkel inklusive bevarande och evolutionärt bevarande i tid.
Dessutom förutsäger PHOSIDA också fosfositer på basis av stödvektormaskiner .