PDPN

PDPN
Tillgängliga strukturer
PDB	Ortolog sökning:
Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, AGGRUS, GP36, GP40, Gp38, HT1A-1, OTS8, PA2.26, T1A, T1A-2, T1A2, TI1A, podoplanin, D2-40 Externa
ID :n
Genplacering ( Human )
Chr.
Slutet
Genplacering ( Mus )
Chr.
Slutet
RNA uttrycksmönster
	; ;
Genontologi
Molekylär funktion
Cellkomponent
Biologisk process
	Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer
	Wikidata
Visa/redigera människa	Visa/redigera mus

Podoplanin är ett protein som hos människor kodas av PDPN -genen .

Struktur och funktion

Podoplanin är ett protein av mucintyp med en massa på 36 till 43 kDa. Den är relativt välbevarad mellan arter, med homologer hos människor, möss, råttor, hundar och hamstrar.

Denna gen kodar för ett typ-I, integrerat membran, kraftigt O- glykosylerat glykoprotein med varierande distribution i mänskliga vävnader. Den fysiologiska funktionen av detta protein kan vara relaterad till dess mucin-typ karaktär. Det homologa proteinet i andra arter har beskrivits som ett differentieringsantigen och influensavirusreceptor. Den specifika funktionen av detta protein har inte fastställts men det har föreslagits som en markör för lungskada. Alternativt splitsade transkriptvarianter som kodar för olika isoformer har identifierats.

Detta protein har visat sig ha funktioner i lungalveolära celler, njurpodocyter och lymfatiska endotelceller. På senare tid har detta protein hittats i neural vävnad i både mus- och mänskliga prover.

I lymfatiska endotelceller har experiment visat att podoplanin spelar en roll i korrekt bildande av kopplingar mellan det kardiovaskulära systemet och lymfsystemen, vilket vanligtvis orsakar fettleversjukdom hos dessa möss.

Även om den exakta funktionen är okänd i många vävnader, är podoplanin i allmänhet mottagligt för detektion via immunfluorescerande färgning och har visat sig samlokaliseras med proteinet nestin , ett mellanliggande filamentprotein av typ VI uttryckt nästan primärt i neurala vävnader. För närvarande är det enda proteinet som är känt för att interagera med podoplanin fysiologiskt CLEC-2 , ett lektin 2 av C-typ uttryckt på blodplättar och på hematopoetiska celler . Båda tjänar en roll i den korrekta bildandet av blod/lymfatiska förbindelser i embryonal utveckling.

Klinisk signifikans

PDPN har studerats omfattande inom cancerområdet. Det är en specifik lymfkärlmarkör, och eftersom lymfangiogenesnivåer är korrelerade med dålig prognos hos cancerpatienter kan den användas som en diagnostisk markör. Det är ofta uppreglerat vid vissa typer av cancer, inklusive flera typer av skivepitelcancer , malignt mesoteliom och hjärntumörer . Dessutom kan det uppregleras av cancerassocierade fibroblaster (CAFs) i tumörstroma, där det har associerats med dålig prognos.

I skivepitelcancer tros PDPN spela en nyckelroll i cancercellens invasivitet genom att kontrollera invadopodia och därmed förmedla effektiv ECM- nedbrytning.

Vidare läsning

Wicki A, Christofori G (januari 2007). "Podoplanins potentiella roll vid tumörinvasion" . British Journal of Cancer . 96 (1): 1–5. doi : 10.1038/sj.bjc.6603518 . PMC 2360213 . PMID 17179989 .
Robertson NG, Khetarpal U, Gutiérrez-Espeleta GA, Bieber FR, Morton CC (september 1994). "Isolering av nya och kända gener från ett humant fetalt cochlea-cDNA-bibliotek med hjälp av subtraktiv hybridisering och differentiell screening". Genomik . 23 (1): 42–50. doi : 10.1006/geno.1994.1457 . PMID 7829101 .
Cross SH, Charlton JA, Nan X, Bird AP (mars 1994). "Rening av CpG-öar med hjälp av en metylerad DNA-bindningskolonn". Naturgenetik . 6 (3): 236–44. doi : 10.1038/ng0394-236 . PMID 8012384 . S2CID 12847618 .
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (september 1996). "Normalisering och subtraktion: två metoder för att underlätta genupptäckt" . Genomforskning . 6 (9): 791-806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID 8889548 .
Kato Y, Fujita N, Kunita A, Sato S, Kaneko M, Osawa M, Tsuruo T (december 2003). "Molekylär identifiering av Aggrus/T1alpha som en trombocytaggregationsinducerande faktor uttryckt i kolorektala tumörer" . Journal of Biological Chemistry . 278 (51): 51599–605. doi : 10.1074/jbc.M309935200 . PMID 14522983 . S2CID 11119751 .
Kaneko M, Kato Y, Kunita A, Fujita N, Tsuruo T, Osawa M (september 2004). "Funktionell sialylerad O-glykan till trombocytaggregation på Aggrus (T1alpha/Podoplanin) molekyler uttryckta i kinesisk hamster äggstocksceller" . Journal of Biological Chemistry . 279 (37): 38838–43. doi : 10.1074/jbc.M407210200 . PMID 15231832 . S2CID 37651644 .
Martín-Villar E, Scholl FG, Gamallo C, Yurrita MM, Muñoz-Guerra M, Cruces J, Quintanilla M (mars 2005). "Karakterisering av humant PA2.26-antigen (T1alpha-2, podoplanin), ett litet membranmucin inducerat i orala skivepitelcancer". International Journal of Cancer . 113 (6): 899–910. doi : 10.1002/ijc.20656 . hdl : 10261/81190 . PMID 15515019 . S2CID 2895153 .
Schacht V, Dadras SS, Johnson LA, Jackson DG, Hong YK, Detmar M (mars 2005). "Uppreglering av den lymfatiska markören podoplanin, ett transmembrant glykoprotein av mucintyp, i humana skivepitelcancer och könscellstumörer" . American Journal of Pathology . 166 (3): 913–21. doi : 10.1016/S0002-9440(10)62311-5 . PMC 1602360 . PMID 15743802 .
Otsuki T, Ota T, Nishikawa T, Hayashi K, Suzuki Y, Yamamoto J, Wakamatsu A, Kimura K, Sakamoto K, Hatano N, Kawai Y, Ishii S, Saito K, Kojima S, Sugiyama T, Ono T, Okano K , Yoshikawa Y, Aotsuka S, Sasaki N, Hattori A, Okumura K, Nagai K, Sugano S, Isogai T (2007). "Signalsekvens och nyckelordsfälla i silico för urval av fullängds humana cDNA som kodar för sekretion eller membranproteiner från oligokapslade cDNA-bibliotek" . DNA-forskning . 12 (2): 117–26. doi : 10.1093/dnares/12.2.117 . PMID 16303743 .
Hultgård-Ekwall AK, Mayerl C, Rubin K, Wick G, Rask-Andersen H (mars 2006). "Ett interstitiellt nätverk av podoplanin-uttryckande celler i den mänskliga endolymfatiska kanalen" . Journal of the Association for Research in Otolaryngology . 7 (1): 38–47. doi : 10.1007/s10162-005-0021-8 . PMC 2504586 . PMID 16408168 .
Dumoff KL, Chu CS, Harris EE, Holtz D, Xu X, Zhang PJ, Acs G (maj 2006). "Lågt uttryck av podoplanin i biopsimaterial för förbehandling förutsäger dålig prognos vid skivepitelcancer i framskridet stadium av livmoderhalscancer som behandlas med primär strålning" . Modern patologi . 19 (5): 708–16. doi : 10.1038/modpathol.3800580 . PMID 16528371 . S2CID 502212 .
Omachi T, Kawai Y, Mizuno R, Nomiyama T, Miyagawa S, Ohhashi T, Nakayama J (februari 2007). "Immunhistokemisk demonstration av prolifererande lymfkärl i kolorektalt karcinom och dess klinisk-patologiska betydelse". Cancerbokstäver . 246 (1–2): 167–72. doi : 10.1016/j.canlet.2006.02.013 . PMID 16574316 .
Mishima K, Kato Y, Kaneko MK, Nishikawa R, Hirose T, Matsutani M (maj 2006). "Ökat uttryck av podoplanin i maligna astrocytiska tumörer som en ny molekylär markör för malign progression". Acta Neuropathologica . 111 (5): 483–8. doi : 10.1007/s00401-006-0063-y . PMID 16596424 . S2CID 17760421 .
Wicki A, Lehembre F, Wick N, Hantusch B, Kerjaschki D, Christofori G (april 2006). "Tumörinvasion i frånvaro av epitelial-mesenkymal övergång: podoplanin-medierad ombyggnad av aktincytoskelettet" . Cancercell . 9 (4): 261–72. doi : 10.1016/j.ccr.2006.03.010 . PMID 16616332 .
Mishima K, Kato Y, Kaneko MK, Nakazawa Y, Kunita A, Fujita N, Tsuruo T, Nishikawa R, Hirose T, Matsutani M (juni 2006). "Podoplaninuttryck i primära könscellstumörer i centrala nervsystemet: en användbar histologisk markör för diagnos av germinom". Acta Neuropathologica . 111 (6): 563–8. doi : 10.1007/s00401-006-0033-4 . PMID 16718353 . S2CID 25060022 .

externa länkar

Översikt över all strukturell information tillgänglig i PDB för UniProt : Q86YL7 (Human Podoplanin) i PDBe-KB .
Översikt över all strukturell information tillgänglig i PDB för UniProt : Q62011 (Mouse Podoplanin) i PDBe-KB .