NoRC-associerat RNA
| NoRC-associerat RNA (pRNA) | |
|---|---|
 Konserverad sekundär struktur av pRNA-
| |
| identifierare | |
| Symbol | NoRC RNA |
| Alt. Symboler | pRNA |
| Rfam | RF01518 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Gen |
| Domän(er) | Mammalia |
| PDB- strukturer | PDBe |
NoRC-associerat RNA (även känt som pRNA ) är ett icke-kodande RNA- element som reglerar ribosomal RNA- transkription genom att interagera med TIP5, en del av NoRC- kromatinombyggnadskomplexet .
Funktion och genomiskt sammanhang
Ribosomala RNA-gener (rDNA) kodar för ribosomalt RNA (rRNA) som utgör majoriteten av ribosomen . Dessa gener uttrycks inte konstitutivt och en mekanism för gentystnad sätts på plats för att undertrycka rDNA- genuttryck när ribosomen inte behövs. Gentystnad av rDNA kräver bindning av kromatinremodelleringskomplexet , NoRC, till en icke-kodande RNA (ncRNA)-molekyl som är komplementär till rDNA-promotorn.
ncRNA:t som är involverat i rDNA-tystnad är känt som pRNA och har visats härröra från en spacer- promotor belägen uppströms om det pre-ribosomala RNA- transkriptionsstartstället . När detta ncRNA är transkriberat bearbetas det för att bilda en 150–250 nukleotider lång RNA-molekyl och överlappar rDNA-promotorregionen. Beräkningsanalys av pRNA förutspådde att pRNA bildar en konserverad stamslingastruktur och har visat sig vara konserverad över ett antal eukaryoter .
Forskning
Flera studier har visat att pRNA är avgörande vid rekryteringen och lokaliseringen av kromatinremodelleringskomplexet som behövs för gentystnad. EMSA stöder idén att pRNA är involverat i heterokromatinbildning eftersom det visade att pRNA från ett antal olika arter interagerade med TIP5, den stora subenheten av kromatinombyggnadskomplexet NoRC. [ Citat behövs ] Mutagenes av pRNA visade att RNA-sekundärstruktur är avgörande för TIP5-bindning eftersom mutationer som förändrade sekundärstruktur förhindrade TIP5-bindning. TIP5 binder till pRNA genom en inducerad passningsmekanism eftersom TIP5 visade en större känslighet för proteasspjälkning i närvaro av pRNA. Denna konformationsförändring kan tillåta TIP5 att interagera med andra proteiner som krävs för NoRC-funktion men detta måste bekräftas av ytterligare studier.
Inte bara stimulerar pRNA bildning av NoRC, utan knock down studier och mutagenes av pRNA visade att pRNA har en roll i NoRC lokalisering. Nedslagning av pRNA visade att NoRC translokerade från nukleolerna till nukleoplasman och vid återställande av pRNA-nivåer translokerades NoRC tillbaka till nukleolerna. Muterande pRNA visade också att dess sekvens och sekundära struktur är avgörande för NoRC-lokalisering eftersom förändring av sekvensstrukturen förhindrade NoRC-translokation till nukleolerna. Dessa studier bekräftade att pRNA har en roll gentystnad genom att rikta kromatinremodelleringskomplex till en rDNA-genpromotorer där både pRNA-sekvens och struktur är avgörande för dess funktion.