New South Wales System Biology Initiative

New South Wales Systems Biology Initiative , regisserad av Marc Wilkins, är en ideell anläggning inom School of Biotechnology and Biomolecular Sciences vid University of New South Wales . Deras fokus är att bedriva grundläggande och tillämpad forskning inom utveckling och tillämpning av bioinformatik för genomik och proteomik .

Forskning utförd vid Systems Biology Initiative

Forskare vid anläggningen arbetar för närvarande med följande projekt: ^{[ citat behövs ]}

Metylering på proteomet av Saccharomyces cerevisiae

Modifieringar genererar villkorade effekter på proteiner , varvid deras kovalenta bindning till aminosyror kommer att orsaka störning av ett visst protein vilket resulterar i en inverkan på de potentiella interaktionerna av dess nyligen modifierade form. Metylering är en av de mest erkända post-translationella modifieringarna i histoner för kromatinstruktur och genuttryck. Det är också en av många modifieringar som finns på de korta N-terminala regionerna av histoner, som samlas för att bilda histonkoden, som reglerar kromatinmontering och epigenetisk genreglering. Identifiering av metylering över interaktomen är dåligt dokumenterad. Forskare vid System Biology Initiative har identifierat tekniker för att identifiera nya metylerade lysin- och argininrester via masspektrometri och peptidmassfingeravtryck. För närvarande är forskare i färd med att använda dessa tekniker för att identifiera nya metylerade rester i Saccharomyces cerevisiae interactome.

Separation och identifiering av proteinkomplex

Storskalig analys av proteinkomplex är en framväxande svårighet som metoder för fraktionering av proteinkomplex som inte är kompatibla med nedströms proteomiska tekniker. Systems Biology Initiative använder tekniken med blå, naturlig kontinuerlig elueringselektrofores (BN-CEE). Denna metod genererar vätskefasfraktioner av proteinkomplex. De resulterande komplexen kan analyseras ytterligare genom polyakrylamidgelelektrofores och masspektrometri. Detta kommer att hjälpa till att identifiera de ingående proteinerna i många komplex. För närvarande använder forskare denna teknik på Saccharomyces cerevisiae cellulära lysat.

Visualisera proteiner, komplex och interaktionsnätverk

Integreringen av biologiska data, inklusive proteinstrukturer, interaktioner etc. kan genereras genom automatiserad teknologi. Vikten av sådan data kan ofta gå förlorad utan korrekt visualisering av datan. Systembiology Initiative arbetar för närvarande med en anpassning av Skyrails Visualization System. Detta system, kallat interactonium, använder en virtuell cell för visualisering av interaktionsnätverket, proteinkomplex och protein 3-D strukturer av Saccharomyces cerevisiae . Verktyget kan visa komplexa nätverk med upp till 40 000 proteiner eller 6000 multiproteinkomplex. Interactorium tillåter visning på flera nivåer av cellens molekylära biologi. Interactorium är tillgängligt för nedladdning.

externa länkar