Neuroimaging Informatics Tools and Resources Clearinghouse
 | |
 Webbaserade neuroimaging-informatikverktyg och resurser: samarbeta, testa och beräkna
| |
Typ av webbplats |
Samarbete , Management System för mjukvaruutveckling , datamängder , beräkningsmiljö |
|---|---|
| URL | |
| Användare | Över 300 000 |
Neuroimaging Tools and Resources Collaboratory ( NITRC ) är en kunskapsmiljö för neuroimaging informatik för MR, PET/SPECT, CT, EEG/MEG, optisk avbildning, klinisk neuroinformatik, bildgenomik och beräkningsneurovetenskapliga verktyg och resurser.
Beskrivning
Initierad 2006 och för närvarande finansierad av NIH Anslagsnummer: 1R24EB029173 , är NITRC:s uppdrag att tillhandahålla en användarvänlig kunskapsmiljö som möjliggör distribution, förbättring och adoption av neuroimaging verktyg och resurser och har expanderat från MR till Imaging Genomics, EEG/MEG , PET/SPECT, CT, optisk bildbehandling, klinisk neuroinformatik och beräkningsneurovetenskap. Med stöd för 143 000 sidvisningar per månad har NITRC:s 1 000+ verktyg och resurser laddats ner över 11,4 miljoner gånger av 1,4 miljoner användare.
NITRC:s mål är att stödja forskare som är dedikerade till att förbättra, adoptera, distribuera och bidra till utvecklingen av tidigare finansierade neuroimaging analysverktyg och resurser för bredare gemenskapsanvändning. NITRC främjar mjukvaruverktyg, arbetsflöden, resurser, vokabulär, testdata och förbearbetade, community-genererade bilder genom sitt Image Repository (NITRC-IR), och ger forskare större och mer effektiv tillgång till de verktyg och resurser de behöver; bättre kategorisera och organisera befintliga verktyg och resurser via ett kontrollerat ordförråd; underlätta interaktioner mellan forskare och utvecklare genom forum, direkt e-postkontakt, betyg och recensioner; och främja bättre användning genom förbättrad dokumentation.
Närma sig
För att möta de olika behoven hos utvecklare och forskare inom neuroimaging-informatik erbjuder NITRC samarbetsfunktioner som den som finns i plattformar som GitHub och SourceForge . För att tillhandahålla sådan funktionalitet anpassade vi GForge -projektet med öppen källkod . Sålunda, inom NITRC, har varje verktyg eller resurs möjlighet att erbjuda beskrivande innehåll samt använda MediaWiki, CVS/SVN, buggspårning, nyheter och forum för att distribuera information och nedladdningar. Inrymt på NITRC-servrar och länkad till befintliga webbplatser, är NITRC källan för neuroimaging-informatikverktyg och -resurser.
Lanserades 2007 med ett agilt programmeringsschema, fortsätter NITRC-teamet att prioritera och implementera funktions- och designförbättringar för att göra webbplatsen ännu mer tillgänglig. Medan den vetenskapliga räckvidden utökas så gör NITRCs förbättrade tjänster, som inkluderar dess bildarkiv för att stödja bilddatadelning och dess Computational Environment-tjänst på Amazon Marketplace för att stödja exekvering av komplexa beräkningsanalyser av bilddata.
Tjänster
Neuroimaging Informatics Tools and Resources Clearinghouse (NITRC) tjänster inkluderar:
NITRC Resource Repository (NITRC-R) är "gå till"-samarbetsmiljön som möjliggör global distribution, förbättring och användning av neuroinformatiska verktyg och resurser. NITRC-R:s vetenskapliga räckvidd inkluderar MR, PET/SPECT, CT, EEG/MEG, optisk bildbehandling, klinisk neuroinformatik, bildgenomik och nu senast beräkningsneurovetenskap.
NITRC Image Repository (NITRC-IR), byggt på XNAT, är ett kurerat arkiv av DICOM- och NIfTI-skannade bilder som är sökbara med metadata som diagnos, handenhet, kön eller grupp. NITRC-IR-datauppsättningar inkluderar: Functional Connectomes, Autism Brain Imaging Data Exchange (ABIDE), Sample, ADHD-200, Beijing Eyes Open Eyes Shut.
NITRC Computational Environment (NITRC-CE) är en virtuell beräkningstjänst för stordata som är förkonfigurerad med populära analysverktyg för neuroimagingmjukvara som tillåter beräkningstid för att betala när du går. Att använda AWS EC2 och utnyttja NeuroDebian, NITRC-CE och NITRC-CE för Cluster Compute Instances är tillgängliga via AWS Marketplace. En offentlig Amazon Machine Instance (AMI) är också tillgänglig.
Resultat
NITRC:s triad av tjänster betjänar den globala neuroinformatikforskningsgemenskapen med 64 % av dess användare från USA, Kina, Tyskland, Storbritannien och Kanada. Med över 3,2 miljoner sidvisningar och 747 000 besök av 335 200 unika besökare, underlättar NITRC-R tillgången till ett ständigt växande antal neuroinformatiska verktyg och resurser (630). NITRC-IR erbjuder 4 800 ämnen sökbara i 9 projekt för att främja återanvändning och integration av dessa värdefulla delade data. Med i genomsnitt 20 900 besök och 76 200 sidvisningar per månad har programvara och data från NITRC-R och NITRC-IR laddats ner över 1,3 miljoner gånger. NITRC-CE tillhandahåller förenklad distribution av molnbaserad beräkning som stöder FreeSurfer, FSL, AFNI och många andra programvaruresurser. I verkliga bearbetningstester tog en representativ beräkning som skulle ha tagit 24 timmar på en kraftfull stationär 25 % av tiden (8 timmar) till en kostnad av endast $4. Testet var en FSL-voxelbaserad morfometri (VBM)-beräkning på 64 försökspersoner från CANDIShare körd på en 2,8 GHz Intel Xeon Mac-dator kontra AWS Large-instans (m1.large) med SGE-parallellisering över 4 kärnor.
Deltagare
NITRC leds av University of Massachusetts Medical School i Worcester, MA; och byggs och drivs i samarbete med TCG, Inc. i Washington, DC; Preuss Enterprises, Inc., FL; och The Paulson Venture, CA. NITRC-R och NITRC-IR drivs av Center for Research in Biological Systems vid University of California, San Diego. Nuvarande teammedlemmar inkluderar: David Kennedy och Christian Haselgrove, UMMS; Nina Preuss, PMP, Preuss Enterprises Inc.; Matthew Travers och Al Crowley, TCG, Inc.; och Abby Paulson, The Paulson Venture.