Netprimer
| Utvecklare | Premier Biosoft |
|---|---|
| Stabil frisättning | 1.10 [ citat behövs ] / 6 maj 2002 [ citat behövs ]
|
| Plattform | Java applet |
| Typ | Bioinformatik |
| Licens | kommersiell |
| Hemsida | http://www.premierbiosoft.com/netprimer/ |
NetPrimer är ett gratis webbaserat verktyg som används för att analysera primers som används i PCR för att amplifiera en DNA-sekvens. Programvaran förutsäger smälttemperaturen för primrarna med hjälp av närmaste intilliggande termodynamiska algoritm . Den exakta förutsägelsen av smälttemperaturen (Tm) är en av de viktigaste faktorerna som styr framgången för en PCR-reaktion.
NetPrimer analyserar också de termodynamiskt viktiga sekundära strukturerna som hårnålar , själv- och korsdimerer , körningar och upprepningar. Dessa strukturer påverkar signifikant primereffektiviteten och därför framgången [ förtydligande behövs ] för en PCR-reaktion.
NetPrimer kan användas för att bestämma de bästa primerparen för en given uppsättning experimentella förhållanden. Programmet tilldelar ett betyg till varje primer som analyseras. Betyget baseras på de termodynamiska parametrarnas närhet till deras idealpoäng.
Förutom primerkvaliteten presenteras också dess molekylvikt och optiska aktivitet (både i nmol / A260 & µg /A260) för kvantifiering. Primers analyseras med avseende på deras GC% (guanin-cytosinhalt). Denna viktiga parameter bestämmer deras glödgningsstyrka .
Affärsmodell
Även om Netprimer tillhandahålls utan kostnad, är det inte gratis programvara . Användare måste registrera sig för åtkomst och därigenom få reklam för Premier Biosofts andra produkter.