Nationell dataresurs för mikrobiell patogen

National Microbial Pathogen Data Resource var ett av de åtta bioinformatikresurscentra som finansierades av National Institutes of Allergy and Infectious Diseases, NIAID , en del av National Institutes of Health (NIH), som är en byrå inom USA:s hälsodepartement och Mänskliga tjänster .

NMPDR finansierades under fem år från 2004 genom ett anslag till co-PI:s Rick Stevens från Computation Institute vid University of Chicago och Ross Overbeek vid Fellowship for the Interpretation of Genomes .

NMPDR hade initialt i uppdrag att kommentera och kurera genomen av fem patogena bakterier av bakterier ( Campylobacter , Listeria , Staphylococcus , Streptococcus och Vibrio ). Men efter fyra år ombads teamet att också övervaka kurationen och anteckningen av genomen för ytterligare sju bakteriearter ( Chlamydia , Chlamydophila , Haemophilus , Mycoplasma , Neisseria , Treponema och Ureaplasma ).

Flaggskeppswebbplatsen, National Microbial Pathogen Data Resource, tillhandahåller kurerade kommentarer i en miljö för jämförande analys av genom och biologiska delsystem.

Dessutom har NMPDR-teamet också utvecklat Rapid Annotation med hjälp av Subsystems Technology Server (RAST) för att kommentera och kurera kompletta mikrobiella genom och Metagenomics RAST för att kommentera metagenomer.

Anmärkning till NMPDR-användare

Från och med januari 2010 har den bakteriella organism som ursprungligen täcktes av NMPDR under BRC-programmet överförts till PATRIC , Patosystems Resource Integration Center.