PATRIC
PATRIC (Pathosystems Resource Integration Center) är en bakteriell bioinformatisk webbplats från Bioinformatics Resource Center . Det är ett informationssystem som integrerar databaser med olika typer av data om bakteriella patogener (transkriptomiska, proteomiska, struktur, biokemiska) tillsammans med analysverktyg. Den är fritt tillgänglig och är utformad för att stödja det biomedicinska forskarsamhällets arbete med bakteriella infektionssjukdomar via dessa integrationer av olika delar av patogeninformation.
Beskrivning
PATRIC, är ett projekt av Virginia Techs Cyberinfrastructure Division, och finansieras av National Institutes of Allergy and Infectious Diseases ( NIAID ), en del av National Institutes of Health ( NIH ). PATRIC centraliserar tillgängliga bakteriella fylogenomiska data, proteomiska och andra olika experimentdata kopplade till specifika patogener från många källor. Dess mål specifikt för det bakteriella forskarsamhället, för att spara biologer tid och ansträngning när de utför jämförande analyser. PATRIC-plattformen tillhandahåller ett gränssnitt för biologer att upptäcka data och information och utföra omfattande jämförande genomik och andra analyser i en enda kontakt.
- Konsekventa anteckningar över alla sekvenserade bakteriearter från GenBank.
- Annotera ditt bakteriegenom gratis på mindre än 24 timmar med samma RAST-anteckningstjänst som används på PATRIC.
- Data- och informationssökningar
- Utför en global PATRIC-sökning eller utför avancerade sökningar baserat på taxonomi, gennamn, lokustagg, proteinfunktion/familjer, vägar, EC-nummer, GO-termer, värd-patogeninteraktioner och mer.
- Utför en BLAST- sökning mot plasmidspecifika BLAST-databaser som innehåller genomiska sekvenser eller proteiner i PATRIC.
- Utför förbättrad litteratursökning och textutvinningstekniker för att identifiera gener, proteiner, sjukdomar, droger, organismer och andra intressenter.
- Personlig arbetsyta som tillåter användare att permanent spara sekvenser av intresse som samlats in från PATRIC. Härifrån hantera och analysera sparad data inom dina anpassade grupper.
- Många jämförande analyser och interaktiva visualiseringar för att hjälpa utredare att upptäcka framväxande egenskaper i komplexa system. Exporterbara sekvenser och andra detaljer om data som används för att skapa dina anpassade visualiseringar.
- Rika, interaktiva visualiseringar som stöder analyser som en fågelperspektiv av bevarandet (eller avsaknaden av sådan) av särskilda gener av intresse, urskiljning av hur många proteiner som har samma funktion inom ett enda genom, och identifiering av proteiner med flera homologer eller paraloger över en uppsättning genom.
- Fritt tillgängliga data och analysresultat, presenterade i tabellformat, grafiskt och nedladdningsbart format.
Bakterieorganismer som omfattas av PATRIC-databasen
- Bacill
- Bartonella
- Borrelia
- Brucella
- Burkholderia
- Campylobacter
- Klamydophila
- Clostridium
- Coxiella
- Ehrlichia
- Escherichia
- Francisella
- Helicobacter
- Listeria
- Mycobacterium
- Rickettsia
- Salmonella
- Shigella
- Stafylokock
- Vibrio
- Yersinia
- Andra bakterier
Om Cyberinfrastructure Division och VBI
CyberInfrastructure Division vid VBI utvecklar metoder, infrastruktur och resurser för att möjliggöra vetenskapliga upptäckter inom infektionssjukdomsforskning och andra forskningsområden. Gruppen tillämpar principerna för cyberinfrastruktur för att integrera data, beräkningsinfrastruktur och människor. CyberInfrastructure Division har utvecklat många offentliga resurser för kurerade, olika molekylära och litteraturdata från olika system för infektionssjukdomar, och implementerat de processer, system och databaser som krävs för att stödja dem. Den bedriver också forskning genom att tillämpa sina metoder och data för att göra nya upptäckter.
Virginia Bioinformatics Institute (VBI) vid Virginia Tech har en forskningsplattform som fokuserar på att förstå "sjukdomstriangeln" av interaktioner mellan värd-patogen och miljö i växter, människor och andra djur. Genom att framgångsrikt kanalisera innovation till transdisciplinära tillvägagångssätt som kombinerar informationsteknologi och biologi, tar forskare vid VBI upp några av dagens nyckelutmaningar inom biomedicin, miljö och växtvetenskap.
Se även
externa länkar
- Officiell hemsida
- Bioinformatikresurscenter NIAID-sidan som beskriver BRC:s mål och aktiviteter
- Pathogen Portal Hub-plats för de fem BRC:erna; ger övergripande BRC-sammanfattningsinformation