Microarray-databaser

En mikroarraydatabas är ett arkiv som innehåller mikroarraygenexpressionsdata . De viktigaste användningsområdena för en mikromatrisdatabas är att lagra mätdata, hantera ett sökbart index och göra data tillgänglig för andra applikationer för analys och tolkning (antingen direkt eller via användarnedladdningar).

Microarray-databaser kan delas in i två distinkta klasser:

  1. Ett referentgranskat, offentligt arkiv som följer akademiska eller branschstandarder och är designat för att användas av många analysapplikationer och grupper. Ett bra exempel på detta är Gene Expression Omnibus (GEO) från NCBI eller ArrayExpress från EBI .
  2. Ett specialiserat arkiv som i första hand är förknippat med varumärket för en viss enhet (labb, företag, universitet, konsortium, grupp), en applikationssvit, ett ämne eller en analysmetod, oavsett om det är kommersiellt, ideellt eller akademiskt. Dessa databaser kan ha en eller flera av följande egenskaper:
    • En prenumeration eller licens kan behövas för att få full åtkomst,
    • Innehållet kan i första hand komma från en specifik grupp (t.ex. SMD, eller UPSC-BASE), Immunological Genome Project
    • Det kan finnas begränsningar för vem som kan använda uppgifterna eller för vilket ändamål uppgifterna kan användas,
    • Särskilt tillstånd kan krävas för att skicka in nya uppgifter, eller så finns det ingen uppenbar process alls,
    • Endast vissa applikationer kan vara utrustade för att använda data, ofta också associerade med samma enhet (till exempel är caArray på NCI specialiserat för caBIG ) ,
    • Ytterligare bearbetning eller omformatering av data kan krävas för standardapplikationer eller analys,
    • De hävdar att de tar itu med det "brådskande behovet" av att ha ett standardiserat centraliserat arkiv för mikroarraydata. (Se YMD, senast uppdaterad 2003, till exempel),
    • Det finns ett anspråk på en inkrementell förbättring jämfört med ett av de offentliga lagren,
    • En metaanalysapplikation , som innehåller studier från en eller flera offentliga databaser (t.ex. Gemma använder främst GEO- studier ; NextBio använder olika källor)

Några av de mest kända offentliga, kurerade mikroarraydatabaserna är :


Databas Omfattning Microarray experimentuppsättningar Exempel på profiler Från och med dagen
ArrayTrack ArrayTrack är värd för både offentliga och privata data, inklusive MAQC benchmarkdata, med integrerade analysverktyg 1622 50 093 februari 2012
NCI mAdb Värd för NCI-data med integrerade analys- och statistikverktyg ? 105 000 mars 2012
ImmGen databas Öppen tillgång över alla immunsystemceller; uttrycksdata, differentiellt uttryck, samreglerade kluster, reglering 267 1059 jan 2012
Genundersökare Sökmotor för genuttryck baserad på manuellt kurerade, välkommenterade offentliga och proprietära mikroarray- och RNA-seq-datauppsättningar 3228 232,855 oktober 2016
Omnibus för genuttryck - NCBI någon kurerad MIAME- kompatibel molekylär överflödsstudie 25859 641770 28 oktober 2011
ArrayExpress på EBI Alla kurerade MIAME- eller MINSECE- kompatibla transkriptomikdata 24838 708914 28 oktober 2011
Stanford Microarray-databas privat och publicerad mikroarray- och molekylöverflödsdatabas (nu nedlagd) 82542 ? 23 oktober 2011
Cancer Genome Atlas (TCGA) insamling av uttrycksdata för olika cancerformer 21229 ? 30 augusti 2013
GeneNetwork-system Open access standardarrayer, exonarrayer och RNA-seq-data för genetisk analys (eQTL-studier) med analyssvit ~100 ~10 000 juli 2010
UNC modENCODE Microarray-databas Nimblegen kund 2,1 miljoner array ~6 180 17 juli 2009
UPSC-BAS data genererad av mikroarrayanalys inom Umeå Plant Science Center (UPSC). ~100 ? 15 november 2007
UPenn RAD-databas MIAME- kompatibla offentliga och privata studier, associerade med ArrayExpress ~100 ~2500 1 september 2007
UNC Microarray-databas tillhandahåller tjänsten för mikroarraydatalagring, hämtning, analys och visualisering ~31 2093 1 april 2007
MUSC databas Databasen är ett arkiv för DNA-mikroarraydata som genererats av MUSC-utredare såväl som forskare i det globala forskarsamhället. ~45 555 1 april 2007
caArray på NCI Cancerdata, förberedda för analys på caBIG 41 1741 15 november 2006

Se även

externa länkar

Hämtad från " https://sv.wikipedia.org/w/index.php?title=Microarray_databases&oldid=1138002911 "