Metascape
| Originalförfattare | Metascape Team |
|---|---|
| Utvecklare | Yingyao Zhou, Bin Zhou, Lars Pache, Max Chang, Christopher Benner, Sumit Chanda |
| Stabil frisättning | 3.5 / 1 mars 2019
|
| Typ | Bioinformatik |
| Licens | Gratisprogram |
| Hemsida |
Metascape är en gratis resurs för genkommentarer och analys som hjälper biologer att förstå en eller flera genlistor. Metascape tillhandahåller automatiserade metaanalysverktyg för att förstå antingen vanliga eller unika vägar och proteinnätverk inom en grupp ortogonala målupptäcktsstudier.
Historia
I "OMICs"-åldern är det viktigt att få biologiska insikter i en lista med gener. Även om det finns ett antal bioinformatikkällor för detta ändamål, såsom DAVID , är de inte alla gratis, lätta att använda och väl underhållna. För att analysera flera listor med gener som härrör från ortogonala men kompletterande "OMICs"-studier, kräver verktyg ofta beräkningsfärdigheter som är utom räckhåll för många biologer. Enligt Metascape-bloggen organiserade sig ett team av forskare för att ta sig an denna utmaning. Teamet inkluderar kärnmedlemmarna Yingyao Zhou, Bin Zhou, Lars Pache, Max Chang, Christopher Benner och Sumit Chanda, såväl som andra bidragsgivare under tiden. Metascape släpptes först som en betaversion den 8 oktober 2015. Den första Metascape-applikationen publicerades den 9 december 2015. Metascape har gått igenom flera släpp sedan dess. Den stöder för närvarande nyckelmodellorganismer, anrikningsanalys av vägar, protein-protein-interaktionsnätverk och komponentanalys, automatisk presentation av resultaten som publikationsfärdiga webbrapporter, Excel- och PowerPoint-presentationer.
Artikeln med titeln "Metascape tillhandahåller en biolog-orienterad resurs för analys av datauppsättningar på systemnivå" publicerades den 3 april 2019 i Nature Communications.
Analys arbetsflöde
Metascape implementerar ett arbetsflöde för CAME-analys:
- Konvertering: Konvertera genidentifierare från populära typer (som Symbol , RefSeq , Ensembl , UniProt , UCSC ) till mänskliga Entrez -gen-ID och vice versa.
- Kommentar: Extrakt från dussintals funktionsrelevanta genannoteringar, inklusive proteinfamiljer, transmembrana/utsöndrade förutsägelser, sjukdomsassociationer, sammansättningsassociationer, etc.
- Medlemskap: Flagga genmedlemskap baserat på en anpassad nyckelordssökning inom utvalda ontologier, t.ex. markera kända "invasion"-gener.
- Anrikning: Identifiera berikade biologiska teman, särskilt GO-termer , KEGG , Reactome , BioCarta, WikiPathways såväl som andra vägar och datauppsättningar som samlats in i MSigDB , etc. Dessutom klustras berikade ontologitermer automatiskt för att minska redundans för enklare tolkning. Protein-protein-interaktionsnätverk är konstruerade baserat på STRING , BioGRID , OmniPath, etc. Täta komponenter identifieras och tolkas biologiskt.
Metascape integrerade över 40 kunskapsbaser om bioinformatik i ett sömlöst användargränssnitt, där experimentella biologer kan använda en Express Analysis-funktion med ett klick för att förvandla flera genlistor till tolkbara resultat.
Analys rapport
Alla analysresultat presenteras i en webbrapport som innehåller Excel- antecknings- och anrikningsark, PowerPoint -bilder och anpassade analysfiler (t.ex. .cys-fil av Cytoscape , .svg av Circos ) för ytterligare offlineanalys eller bearbetning.
En märkbar styrka med Metascape är dess visualiseringsförmåga. Metascape har hjälpt till med tolkningen av 2 600 publicerade studier från och med december 2021, bland vilka 2/3 av publikationerna använde sig av grafer eller ark utarbetade av Metascape.
MSBio
Metascape for Bioinformaticians (MSBio) släpptes 2021 för att möta de växande behoven hos beräkningsbiologer för att automatisera Metascape batchanalyser för storskaliga genlistor. MSBio utnyttjar kraften hos containerteknik för att kapsla in beräkningsplattformen i Docker- containrar. Akademiska användare kan utföra offlineanalyser, vilket endast begränsas av den hårdvara de har tillgång till. Kommersiella användare har möjlighet att lägga till egen kunskapsbas och utföra säkra beräkningar med interna beräkningstillgångar. MSBio-databaser uppdateras synkroniserat med Metascapes webbplats.