DAVID
| Stabil frisättning | 2021 uppdatering / December 2021
|
|---|---|
| Typ | Bioinformatik |
| Licens | Gratisprogram |
| Hemsida |
DAVID (databasen för annotering, visualisering och integrerad upptäckt ) är en gratis bioinformatikresurs online utvecklad av Laboratory of Human Retrovirology and Immunoinformatics ( LHRI ). Alla verktyg i DAVID Bioinformatics Resources syftar till att tillhandahålla funktionell tolkning av stora listor av gener som härrör från genomiska studier, t.ex. mikroarray- och proteomikstudier . DAVID finns på https://david.ncifcrf.gov/
DAVID Bioinformatics Resources består av DAVID Knowledgebase och fem integrerade, webbaserade funktionella anteckningsverktygssviter: DAVID Gene Functional Classification Tool, DAVID Functional Annotation Tool, DAVID Gene ID Conversion Tool, DAVID Gene Name Viewer och DAVID NIAID Patogen Genome Browser. Den utökade DAVID kunskapsbasen integrerar nu nästan alla stora och välkända offentliga bioinformatikresurser centraliserade av DAVID Gene Concept, en enkellänkningsmetod för att agglomerera tiotals miljoner olika gen-/proteinidentifierare och annoteringstermer från en mängd olika offentliga bioinformatikdatabaser. För alla uppladdade genlistor tillhandahåller DAVID Resources nu inte bara den typiska gentermberikningsanalysen, utan också nya verktyg och funktioner som tillåter användare att kondensera stora genlistor till genfunktionella grupper, konvertera mellan gen-/proteinidentifierare, visualisera många- gener-till-många-term-relationer, gruppera redundanta och heterogena termer i grupper, sök efter intressanta och relaterade gener eller termer, dynamiskt visa gener från deras listor på bio-pathways och mer.
Uppdateringen av DAVID 2021 släpptes i december 2021. Kunskapsbasen har planerats att uppdateras kvartalsvis.
Funktionalitet
DAVID tillhandahåller en omfattande uppsättning funktionella annoteringsverktyg för utredare att förstå biologisk betydelse bakom en stor lista med gener. För en given genlista kan DAVID-verktyg:
- Identifiera berikade biologiska teman, särskilt GO-termer
- Upptäck berikade funktionsrelaterade gengrupper
- Klustret överflödiga annoteringstermer
- Visualisera gener på BioCarta & KEGG vägkartor
- Visa relaterade många-gener-till-många-termer i 2D-vy.
- Sök efter andra funktionellt relaterade gener som inte finns i listan
- Lista interagerande proteiner
- Utforska gennamn i batch
- Koppla ihop gen-sjukdomsassociationer
- Markera proteinfunktionella domäner och motiv
- Omdirigera till relaterad litteratur
- Konvertera genidentifierare från en typ till en annan.