Madrid CFF grundades 2010 av Alfredo Ulloa som valde att spela i vita dräkter som en hyllning till Real Madrid , även om klubbarna inte har någon formell koppling. Mediespekulationer om att klubben skulle tas över av Real Madrid 2014 visade sig vara ogrundade.
2013, efter att ha spelat tre säsonger i de regionala ligorna, gjorde klubben sin debut i Segunda División . Fyra år senare flyttade klubben upp för första gången någonsin till First Division . Efter denna befordran flyttade klubben till Estadio Matapiñonera i San Sebastián de los Reyes .
