Madagaskar (programvara)
Initial release | 12 juni 2006 |
---|---|
Stabil frisättning | 3.1 / 5 december 2020
|
Förhandsgranska release | Genom Subversion
|
Skrivet i | C , C++ , Python |
Operativ system | Posix |
Typ | Geofysisk programvara |
Licens | GNU General Public License |
Hemsida | www.ahay.org |
Madagaskar är ett mjukvarupaket för multidimensionell dataanalys och reproducerbara beräkningsexperiment. Dess uppdrag är att tillhandahålla
- en bekväm och kraftfull miljö
- ett bekvämt verktyg för tekniköverföring
för forskare som arbetar med digital bild- och databehandling inom geofysik och närliggande områden. Teknik som utvecklats med hjälp av Madagaskars projektledningssystem överförs i form av inspelad bearbetningshistorik, som blir "beräkningsrecept" som ska verifieras, utbytas och modifieras av användarna av systemet.
Funktioner
Madagaskarmiljön består av:
- Fristående program för dataanalys utanför kärnan;
- Fristående program för geofysisk databehandling och bildbehandling;
- Ett utvecklingskit för C, C++, Java, Fortran-77, Fortran-90, Python, Matlab och Octave;
- Ett ramverk för reproducerbara numeriska experiment, baserat på SCons ;
- Ett ramverk för vetenskapliga publikationer, baserat på SCons och LaTeX ;
- En samling reproducerbara vetenskapliga artiklar som också används som användningsexempel och regressionstester för de fristående programmen;
- En samling datauppsättningar som används som input till reproducerbara numeriska experiment.
Exempel manus
Ett exempel på SConstruct- fil visas nedan
från rsf.proj import * Hämta ( 'wz.35.H' , 'wz' ) Flöde ( 'vind' , 'wz.35.H' , 'dd form=native | fönster n1=400 j1=2 | jämn rect1 =3' ) Plot ( 'vind' , 'pow pow1=2 | grå' ) Flöde ( 'mute' , 'vind' , 'mutter v0=0.31 half=n' ) Plot ( 'mute' , 'pow pow1=2 | grey' ) Resultat ( 'danmark' , 'wind mute' , 'SideBySideAniso' ) End ( )
Observera att SConstruct i sig inte gör något annat jobb än att sätta regler för att bygga olika mål. Målen byggs när man kör scons på kommandoraden. Att köra scons producerar
bash$ scons scons: Läser SConscript-filer ... scons: har läst SConscript-filer. scons: Bygga mål ... retrieve(["wz.35.H"], []) < wz.35.H /RSF/bin/sfdd form=native | /RSF/bin/sfwindow n1=400 j1=2 | /RSF/bin/sfsmooth rect1=3 > wind.rsf < wind.rsf /RSF/bin/sfpow pow1=2 | /RSF/bin/sfgrey > wind.vpl < wind.rsf /RSF/bin/sfmutter v0=0.31 half=n > mute.rsf < mute.rsf /RSF/bin/sfpow pow1=2 | /RSF/bin/sfgrey > mute.vpl /RSF/bin/vppen yscale=2 vpstyle=n gridnum=2,1 wind.vpl mute.vpl > Fig/denmark.vpl scons: färdigbyggda mål.
Licens
Madagaskar är fri programvara och är licensierad under GPL .
Historia
Madagaskar presenterades för första gången offentligt vid EAGE Workshop i Wien i juni 2006. Arbetet med paketet (tidigare kallat RSF) startades av Sergey Fomel 2003. Sedan dess har många människor bidragit till det.
Samtidigt som Madagaskar är skrivet från grunden, lånar idéer från designen av SEPlib, ett paket med öppen källkod som underhålls av Bob Clapp vid Stanford Exploration Project (SEP). Generationer av SEP-studenter och forskare bidrog till SEPlib. De viktigaste bidragen kom från Rob Clayton, Jon Claerbout , Dave Hale, Stew Levin, Rick Ottolini, Joe Dellinger, Steve Cole, Dave Nichols, Martin Karrenbach, Biondo Biondi och Bob Clapp.
Madagaskar lånar också idéer från Seismic Unix (SU), ett paket som underhålls av John Stockwell vid Center for Wave Phenomenon (CWP) vid Colorado School of Mines (Stockwell, 1997; Stockwell, 1999). Huvudbidragsgivare till SU var Einar Kjartansson, Shuki Ronen, Jack Cohen, Chris Liner, Dave Hale och John Stockwell. SU antog en öppen källkodslicens i BSD-stil från och med release 40 (10 april 2007).
Madagaskar skolor
Madagaskarskolor för reproducerbar beräkningsgeofysik är årliga evenemang, där nya användare introduceras till paketet och projektdeltagare träffas för att diskutera ny utveckling.
Här är listan över tidigare skolor:
- Skola och verkstad 2006, Vancouver , BC, Kanada
- Short Course 2007, Austin , TX, USA
- Implementeringsverkstad 2008, Golden , CO, USA
- Skola 2009, Delft , Nederländerna, EU
- Skola 2009, Salvador , Bahia, Brasilien
- Skola och praktisk workshop 2010, Houston , TX, USA
- Skola 2011, Peking , Kina
- Skola 2012, Austin , TX, USA
- Working Workshop 2013, Austin , TX, USA
- Skola 2013, Melbourne , Australien
- Skola 2014, Sankt Petersburg , Ryssland
- Working Workshop 2014, Houston , TX, USA
- Skola 2015, Harbin , Kina
- Skola för avancerade användare 2015, Qingdao , Kina
- Working Workshop 2015, Houston , TX, USA
- Skola 2016, Zürich , Schweiz
- Working Workshop 2016, Houston , TX, USA
- Skola 2017, Houston , TX, USA
- Working Workshop 2017, Houston , TX, USA
- Skola 2017, Shanghai , Kina
- Working Workshop 2018, Houston , TX, USA
- Skola 2020, Hefei , Kina
Se även
externa länkar
- Madagaskars hemsida
- GitHub-organisation
- SourceForge-projektet
- Vetenskapliga konferenspresentationer om Madagaskar
- För reproducerbar forskning, gå till Madagaskar
- Sergey Fomel och Jon Claerbout , gästredaktörens inledning: Reproducerbar forskning : Computing in Science and Engineering, vol. 11, nr. 1, s. 5–7, jan/feb. 2009, doi : 10.1109/MCSE.2009.14
- Sergey Fomel, Paul Sava, Ioan Vlad, Yang Liu och Vladimir Bashkardin, 2013, Madagaskar: mjukvaruprojekt med öppen källkod för multidimensionell dataanalys och reproducerbara beräkningsexperiment: Journal of Open Research Software, 1(1):e8, doi : 10.5334 /jors.ag
- Sergey Fomel, Reproducible Research as a Community Effort: Lessons from the Madagascar Project : Computing in Science and Engineering, vol. 17, nr. 1, s. 20-26, jan/feb. 2015, doi : 10.1109/MCSE.2014.94
- John Holden, The Genesis of Madagascar : The Leading Edge, vol. 34, nr. 11 november 2015, doi : 10.1190/tle34111386.1