MOWChIP-seq

MOWChIP-seq ( M icrofluidic O scillatory W ashing-based Ch romatin I mmuno P - recipitation följt av sekvensering ) är en mikrofluidisk teknologi som används inom molekylärbiologi för att profilera genomomfattande histonmodifieringar och andra molekylära bindningar med så få som 30-100 celler per analys. MOWChIP-seq är en speciell typ av ChIP-seq- analys utformad för analyser med låg ingång och hög genomströmning. Den övergripande processen för MOWChIP-seq liknar den för konventionella ChIP-seq-analyser förutom att kromatinimmunoutfällningen ( ChIP ) och tvättningsstegen sker i en liten mikrofluidkammare . MOWChIP-seq drar fördel av förmågan hos mikrofluidik för att manipulera mikrometerstora pärlor. I processen bildas en packad bädd av pärlor för att drastiskt öka adsorptionseffektiviteten hos kromatinfragment. En automatiserad oscillerande tvättning används sedan för att avlägsna ospecifik bindning och föroreningar från pärlytan. Den ursprungliga versionen av MOWChIP-enheten innehöll endast en mikrofluidkammare. I den nyare demonstrationen presenterades en halvautomatisk MOWChIP-enhet för att köra 8 parallella analyser.

Ansökningar

MOWChIP-seq är förbättrad och låg-input ChIP-seq så det gäller all molekylärbiologi som kan sonderas med ChIP-seq. Detta inkluderar analys av histonmodifieringar, RNA pol II -bindning och transkriptionsfaktorbindning. Publicerade MOWChIP-seq-resultat inkluderar studier av olika histonmärken ( H3K4me3 , H3K27ac , H3K27me3 , H3K9me3 , H3K36me3 och H3K79me2 ) ^1,2 .

Arbetsflöde för MOWChIP-seq

MOWChIP-seq kräver ett mikrofluidiskt system för att köra chip- och tvättstegen på ett halvautomatiskt sätt. Framställningen av kromatinfragment från celler eller kärnor och sekvenseringsbibliotek med hjälp av ChIP-DNA är i stort sett densamma som i konventionella ChIP-seq-analyser.

Dataanalys

MOWChIP-seq producerar ChIP-seq-data med hög kvalitet som är jämförbar med de som produceras med stora mängder celler. Således är dataanalysen mestadels identisk med de analytiska processer som används i vanlig ChIP-seq dataanalys.