MBN Explorer

MesoBioNano Explorer
Utvecklare	MBN Research Center
Initial release	2012 ; 11 år sedan
Stabil frisättning	3.0 / 31 mars 2017 ; 5 år sedan
Skrivet i	C++
Operativ system	Cross-platform : Windows , Linux , macOS
Plattform	x86 , x86-64
Tillgänglig i	engelsk
Typ	Molekylär dynamik , kinetiska Monte Carlo- simuleringar
Licens	Proprietär ; gratis provperiod
Hemsida	www .mbnexplorer .com

MBN Explorer ( MesoBioNano Explorer) är ett mjukvarupaket för molekylär dynamiksimuleringar , strukturoptimering och kinetiska Monte Carlo- simuleringar. Den är designad för multiskalig beräkningsanalys av struktur och dynamik hos atomkluster och nanopartiklar , biomolekyler och nanosystem, nanostrukturerade material, olika tillstånd av materia och olika gränssnitt. Mjukvaran har utvecklats av MBN Research Center.

Historia

MBN Explorer ärvde erfarenheten från utvecklingen av mjukvarupaketet Cluster Searcher. Det började runt 2000 som en klassisk molekylär dynamikkod för att simulera många kroppssystem som interagerar via Morse- och Lennard-Jones-potentialerna. En mängd olika interatomära potentialer och möjligheten att kombinera en grupp atomer till stela block introducerades 2005–2007. Den första versionen av MBN Explorer släpptes 2012 som en multifunktionell datorkod som gör det möjligt att modellera olika molekylära system med varierande komplexitetsnivå.

Funktioner

MBN Explorer möjliggör flerskalig beskrivning av molekylära system med hjälp av kinetisk Monte Carlo-metod och den bestrålningsdrivna molekylära dynamiken. Med hjälp av Monte Carlo-metoden tillåter mjukvaran att simulera diffusionsdrivande processer som involverar molekylära system på mycket större tidsskalor som kan nås i konventionella simuleringar av molekylär dynamik. Programvaran gör det möjligt att kombinera olika typer av interatomära potentialer för att specificera mer än en interaktion till en viss atom eller en grupp av atomer.

MBN Explorer stöder flera standardformat för atombana, såsom XYZ (textformat), DCD (binärt format) och DCD+XYZ (hybridformat). Den stöder också Protein Data Bank (pdb) för att beskriva de tredimensionella strukturerna hos biomolekyler.

Avancerade funktioner i programmet inkluderar:

flexibel grovkornighet och möjligheten att simulera dynamik hos stela kroppar ,
möjligheten att utföra relativistiska molekyldynamiksimuleringar av ultrarelativistiska partiklar i kristallina medier,
simulering av bestrålningsinducerade kemiska transformationer med hjälp av bestrålningsdriven molekylär dynamik.

MBN Studio

MBN Explorer kompletteras med MBN Studio - ett multi-task program för molekylär modellering och design, samt för visualisering och analys av resultat av simuleringarna som utförs med MBN Explorer. Den inbyggda molekylära modelleraren kan användas för att konstruera isolerade och solvatiserade biomolekyler, kondenserade molekylära material, kolnanorör och grafenark, nanopartiklar och kristallina prover.

Projekt och samarbeten

MBN Explorer har använts i olika forskningsprojekt inom materialvetenskap, nanoteknik och strålningsskador:

ARGENT - Avancerad strålbehandling, genererad genom att utnyttja nanoprocesser och teknologier Detta är ett multidisciplinärt nätverksprojekt som involverar olika forskargrupper, akademiska och industriella partners. Det finansieras av EU:s sjunde ramprogram (FP7).
PEARL - Periodically Bent Crystals for Crystalline Undulators Detta är ett internationellt projekt som stöds av EU:s Horizon 2020-program (H2020).
Nano-IBCT - Nanoscale Insights into Jon-Beam Cancer Therapy
VINAT - Teoretisk analys, design och virtuell testning av biokompatibilitet och mekaniska egenskaper hos titanbaserade nanomaterial

Se även

externa länkar

MBN Research Centers webbplats