Lista över förutsägelseverktyg för protein subcellulär lokalisering
Den här listan över verktyg för förutsägelse av subcellulär lokalisering av proteiner inkluderar programvara, databaser och webbtjänster som används för förutsägelse av subcellulär lokalisering av proteiner .
Vissa verktyg ingår som vanligtvis används för att härleda lokalisering genom förutspådda strukturella egenskaper, såsom signalpeptider eller transmembranspiraler , och dessa verktyg producerar förutsägelser om dessa egenskaper snarare än specifika platser. Dessa program relaterade till förutsägelse av proteinstruktur kan också förekomma i listor över program för förutsägelse av proteinstruktur .
Verktyg
- Beskrivningar hämtade från posten i https://bio.tools/-registret (används under CC-BY-licens) anges med länk
| namn | Beskrivning | Referenser | URL | År |
|---|---|---|---|---|
| AAIndexLoc | Maskininlärningsbaserad algoritm som använder aminosyraindex för att förutsäga subcellulär lokalisering av protein baserat på dess sekvens. ( bio.tools post ) | http://aaindexloc.bii.a-star.edu.sg/ | 2008 | |
| APSLAP | Förutsägelse av apoptosprotein subcellulär lokalisering | 2013 | ||
| AtSubP | Ett mycket exakt subcellulärt lokaliseringsförutsägelseverktyg för att kommentera Arabidopsis thaliana-proteomet. ( bio.tools post ) | http://bioinfo3.noble.org/AtSubP/ | 2010 | |
| BaCelLo | BaCelLo är en prediktor för subcellulär lokalisering av proteiner i eukaryoter. ( bio.tools post ) | http://gpcr.biocomp.unibo.it/bacello/index.htm | 2006 | |
| BAR+ | BAR+ är en server för strukturell och funktionell annotering av proteinsekvenser ( bio.tools entry ) | http://bar.biocomp.unibo.it/bar2.0/ | 2011 | |
| BAR | BAR 3.0 är en server för annotering av proteinsekvenser som bygger på en jämförande storskalig analys av hela UniProt. Med BAR 3.0 och en sekvens kan du annotera när det är möjligt: funktion (Gene Ontology), struktur (Protein Data Bank), proteindomäner (Pfam). Om din sekvens faller in i ett kluster med en strukturell/några strukturella mallar tillhandahåller vi en anpassning mot mallen/mallarna baserat på Cluster-HMM (HMM-profilen) som låter dig beräkna din 3D-modell direkt. Cluster HMMs är tillgängliga för nedladdning. ( bio.tools post ) | https://bar.biocomp.unibo.it/bar3/ | 2017 | |
| BASys | BASys (Bacterial Annotation System) är ett verktyg för automatiserad annotering av bakteriella genomiska (kromosomala och plasmider) sekvenser inklusive gen-/proteinnamn, GO-funktioner, COG-funktioner, möjliga paraloger och ortologer, molekylvikter, isoelektriska punkter, operonstrukturer, subcellulär lokalisering, signalpeptider, transmembranregioner, sekundära strukturer, 3D-strukturer, reaktioner och vägar. ( bio.tools post ) | http://basys.ca | 2005 | |
| BOMP | Beta-barrel Outer Membrane Protein Predictor (BOMP) tar en eller flera fasta-formaterade polypeptidsekvenser från gramnegativa bakterier som input och förutsäger om de är beta-barrel integral yttre membranproteiner. ( bio.tools post ) | http://www.bioinfo.no/tools/bomp | 2004 | |
| BPROMPT | Bayesian Prediction Of Membrane Protein Topology (BPROMPT) använder ett Bayesian Belief Network för att kombinera resultaten av andra membranproteinförutsägelsemetoder för en proteinsekvens. ( bio.tools post ) | http://www.ddg-pharmfac.net/bprompt/BPROMPT/BPROMPT.html | 2003 | |
| BUSCA | BUSCA (Bologna Unified Subcellular Component Annotator) är en webbserver för att förutsäga subcellulär proteinlokalisering. BUSCA integrerar olika verktyg för att förutsäga lokaliseringsrelaterade proteinegenskaper samt verktyg för att urskilja subcellulär lokalisering av både globulära och membranproteiner. ( bio.tools post ) | https://busca.biocomp.unibo.it/ | 2018 | |
| Cell-PLoc | Ett paket med webbservrar för att förutsäga subcellulär lokalisering av proteiner i olika organismer. | 2008 | ||
| CELLO | CELLO använder ett tvånivås Support Vector Machine-system för att tilldela lokaliseringar till både prokaryota och eukaryota proteiner. | 2006 | ||
| ClubSub-P | ClubSub-P är en databas med klusterbaserade subcellulär lokalisering (SCL) förutsägelser för Archaea och gramnegativa bakterier. | 2011 | ||
| KoBaltDB | CoBaltDB är en ny kraftfull plattform som ger enkel tillgång till resultaten av flera lokaliseringsverktyg och stöd för att förutsäga prokaryota proteinlokaliseringar. | 2010 | ||
| ComiR | ComiR är ett webbverktyg för kombinatorisk mikroRNA (miRNA) målförutsägelse. Med tanke på ett budbärar-RNA (mRNA) i human-, mus-, flug- eller maskgenom, förutsäger ComiR om ett givet mRNA riktas mot en uppsättning miRNA. ( bio.tools post ) | http://www.benoslab.pitt.edu/comir/ | 2013 | |
| cropPAL | En dataportal för att komma åt kompendiet av data om subcellulära platser för grödaprotein. ( bio.tools post ) | http://crop-pal.org/ | 2016 | |
| DAS-TM-filter | DAS (Dense Alignment Surface) är baserad på lågstringenta dot-plots av frågesekvensen mot en uppsättning bibliotekssekvenser - icke-homologa membranproteiner - med hjälp av en tidigare härledd, speciell poängmatris. Metoden tillhandahåller en hydrofobicitetsprofil med hög precision för frågan från vilken platsen för de potentiella transmembransegmenten kan erhållas. Det nya med DAS-TM-filteralgoritmen är en andra prediktionscykel för att förutsäga TM-segment i sekvenserna i TM-biblioteket. ( bio.tools post ) | http://mendel.imp.ac.at/sat/DAS/DAS.html | 2002 | |
| DeepLoc | Förutsägelse av subcellulär lokalisering av eukaryot protein med hjälp av djupinlärning ( bio.tools-post ) | http://www.cbs.dtu.dk/services/DeepLoc/ | 2017 | |
| Lätt uppmärksamhet | Arkitektur för djupinlärning för att förutsäga eukaryot subcellulär lokalisering och webbserver som förutsäger 10 platser för godtyckliga mängder sekvenser som kan laddas upp som .fasta eller copypasted ( bio.tools entry ) | https://github.com/HannesStark/protein-localization | 2021 | |
| DIANA-microT v5.0 | Webbserver som förutsäger mål för miRNA och ger funktionell information om den förutsagda miRNA:target-geninteraktionen från olika biologiska onlineresurser. Uppdateringar möjliggör associering av miRNA till sjukdomar genom bibliografisk analys och anslutning till UCSC-genomläsaren. Uppdateringar inkluderar sofistikerade arbetsflöden. ( bio.tools post ) | http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=MicroT_CDS/index | 2013 | |
| DrugBank | DrugBank är en unik bioinformatik/keminformatikresurs som kombinerar detaljerad läkemedelsdata (dvs. kemiska) data med omfattande läkemedelsmål (dvs protein) information. Databasen innehåller >4100 läkemedelsposter inklusive >800 FDA-godkända småmolekylära och biotekniska läkemedel samt >3200 experimentella läkemedel. Dessutom är >14 000 protein- eller läkemedelsmålsekvenser kopplade till dessa läkemedelsposter. ( bio.tools post ) | http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/drugbank/index.html | 2006 | |
| E. Coli Index | Omfattande guide med information om E. coli; Home of Echobase: en databas med E. coli-gener som karakteriserats sedan genomet fullbordades. ( bio.tools post ) | http://www.york.ac.uk/res/thomas/ | 2009 | |
| ePlant | En uppsättning världsomspännande webbaserade verktyg med öppen källkod för visualisering av storskaliga datamängder från modellorganismen Arabidopsis thaliana. Den kan appliceras på vilken modellorganism som helst. Har för närvarande 3 moduler: en sekvenskonserveringsutforskare som inkluderar homologiförhållanden och polymorfismdata för enstaka nukleotider, en proteinstrukturmodellutforskare, en molekylär interaktionsnätverksutforskare, en subcellulär lokaliseringsutforskare för genprodukter och en genuttrycksmönsterutforskare. ( bio.tools post ) | http://bar.utoronto.ca/eplant/ | 2011 | |
| ESLpred | ESLpred är ett verktyg för att förutsäga subcellulär lokalisering av proteiner med hjälp av stödvektormaskiner. Förutsägelserna är baserade på dipeptid- och aminosyrasammansättning, och fysikalisk-kemiska egenskaper. ( bio.tools post ) | http://www.imtech.res.in/raghava/eslpred/ | 2004 | |
| Euk-mPLoc 2.0 | Förutsäga den subcellulära lokaliseringen av eukaryota proteiner med både enstaka och flera platser. | 2010 | ||
| TRÄFFA | En omfattande och helt kurerad databas för örtingredienser?? Mål (HIT). Dessa växtbaserade ingredienser med proteinmålinformation var noggrant utvalda. Den molekylära målinformationen involverar de proteiner som direkt/indirekt aktiveras/inhiberas, proteinbindare och enzymer vars substrat eller produkter är dessa föreningar. Dessa upp/nedreglerade gener ingår också i behandlingen av enskilda ingredienser. Dessutom tillhandahålls det experimentella tillståndet, observerad bioaktivitet och olika referenser för användarens referens. Databasen kan sökas via nyckelordssökning eller likhetssökning. Tvärlänkar har gjorts till TTD, DrugBank, KEGG, PDB, Uniprot, Pfam, NCBI, TCM-ID och andra databaser. ( bio.tools post ) | http://lifecenter.sgst.cn/hit/ | 2011 | |
| HMMTOP | Förutsägelse av transmembranspiraler och topologi för proteiner. ( bio.tools post ) | http://www.enzim.hu/hmmtop/ | 2001 | |
| HSLpred | Tillåter att förutsäga den subcellulära lokaliseringen av humana proteiner. Detta är baserat på olika typer av restsammansättning av proteiner med SVM-teknik. ( bio.tools post ) | http://www.imtech.res.in/raghava/hslpred/ | 2005 | |
| idTarget | idTarget är en webbserver för att identifiera biomolekylära mål för små kemiska molekyler med robusta poängfunktioner och en dela-och-härska dockningsmetod. idTarget screenar mot proteinstrukturer i PDB. ( bio.tools post ) | http://idtarget.rcas.sinica.edu.tw | 2012 | |
| iLoc-Cell | Prediktor för subcellulära placeringar av humana proteiner med flera platser. ( bio.tools post ) | http://www.jci-bioinfo.cn/iLoc-Hum | 2012 | |
| KnowPredsite | Ett kunskapsbaserat tillvägagångssätt för att förutsäga lokaliseringsställena för både enkellokaliserade och multilokaliserade proteiner för alla eukaryoter. | 2009 | ||
| lncRNAdb | lncRNAdb-databasen innehåller en omfattande lista över långa icke-kodande RNA (lncRNA) som har visat sig ha, eller vara associerade med, biologiska funktioner i eukaryoter, såväl som budbärar-RNA som har reglerande roller. Varje post innehåller refererad information om RNA, inklusive sekvenser, strukturell information, genomiskt sammanhang, uttryck, subcellulär lokalisering, konservering, funktionella bevis och annan relevant information. lncRNAdb kan sökas genom att fråga publicerade RNA-namn och alias, sekvenser, arter och associerade proteinkodande gener, såväl som termer som finns i annoteringarna, såsom vävnaderna där transkripten uttrycks och associerade sjukdomar. Dessutom är lncRNAdb länkad till UCSC Genome Browser för visualisering och Noncoding RNA Expression Database (NRED) för uttrycksinformation från en mängd olika källor. ( bio.tools post ) | http://arquivo.pt/wayback/20160516021755/http://www.lncrnadb.org/ | 2011 | |
| Loc3D | LOC3D är en databas med förutspådd subcellulär lokalisering för eukaryota proteiner med känd tredimensionell (3D) struktur och inkluderar verktyg för att förutsäga den subcellulära lokaliseringen för inlämnade proteinsekvenser. ( bio.tools post ) | http://cubic.bioc.columbia.edu/db/LOC3d/ | 2005 | |
| LOKALISERA | LOCATE är en kurerad databas som innehåller data som beskriver membranets organisation och subcellulära lokalisering av musproteiner. ( bio.tools post ) | https://web.archive.org/web/20171231015119/http://locate.imb.uq.edu.au/ | 2006 | |
| LocDB | LocDB är en manuellt kurerad databas med experimentella kommentarer för subcellulära lokaliseringar av proteiner i Homo sapiens (HS, människa) och Arabidopsis thaliana (AT, thale krasse). Varje databaspost innehåller den experimentellt härledda lokaliseringen i Gene Ontology (GO) terminologi, den experimentella annoteringen av lokalisering, lokaliseringsförutsägelser med hjälp av toppmoderna metoder och, där tillgänglig, typen av experimentell information. LocDB är sökbar efter nyckelord, proteinnamn och subcellulärt fack, samt efter identifierare från UniProt-, Ensembl- och TAIR-resurser. ( bio.tools post ) | http://www.rostlab.org/services/locDB/ | 2011 | |
| LOCtarget | LOCtarget är ett verktyg för att förutsäga, och en databas med förberäknade förutsägelser för, subcellulär lokalisering av eukaryota och prokaryota proteiner. Flera metoder används för att göra förutsägelserna, inklusive textanalys av SWISS-PROT nyckelord, nukleära lokaliseringssignaler och användningen av neurala nätverk. ( bio.tools post ) | http://www.rostlab.org/services/LOCtarget/ | 2004 | |
| LOCtree | Förutsägelse baserad på att efterlikna den cellulära sorteringsmekanismen med hjälp av en hierarkisk implementering av stödvektormaskiner . LOCtree är en omfattande prediktor som innehåller förutsägelser baserade på PROSITE /PFAM-signaturer samt SwissProt- nyckelord . | 2005 | ||
| LocTree2 | Ram för att förutsäga lokalisering i livets tre domäner, inklusive globulära och membranproteiner (3 klasser för archaea; 6 för bakterier och 18 för eukaryota). Den resulterande metoden, LocTree2, fungerar bra även för proteinfragment. Den använder ett hierarkiskt system av stödvektormaskiner som imiterar den kaskadmekanism som cellulär sortering gör. Metoden når höga nivåer av ihållande prestanda (eukaryota: Q18=65%, bakterier: Q6=84%). LocTree2 skiljer också exakt åt membranproteiner och icke-membranproteiner. I våra händer jämfördes det positivt med toppmetoder när det testades på ny data ( bio.tools entry ) | https://rostlab.org/owiki/index.php/Loctree2 | 2012 | |
| LocTree3 | Förutsägelse av protein subcellulär lokalisering i 18 klasser för eukaryota, 6 för bakterier och 3 för archaea ( bio.tools entry ) | https://rostlab.org/services/loctree3/ | 2014 | |
| MARSpred | Prediktionsmetod  för diskriminering mellan mitokondriella-AARS och cytosoliska-AARS. ( bio.tools post ) | http://www.imtech.res.in/raghava/marspred/ | 2012 | |
| MDLoc | Beroende-Based Protein Subcellular Location Predictor. ( bio.tools post ) | http://128.4.31.235/ | 2015 | |
| MemLoci | Prediktor för subcellulär lokalisering av proteiner associerade eller infogade i eukaryota membran. ( bio.tools post ) | https://mu2py.biocomp.unibo.it/memloci | 2011 | |
| MemPype | Förutsägelse av topologi och subcellulär lokalisering av eukaryota membranproteiner. ( bio.tools post ) | https://mu2py.biocomp.unibo.it/mempype | 2011 | |
| MetaLocGramN | Meta subcellulär lokaliseringsprediktor för gramnegativt protein. MetaLocGramN är en inkörsport till ett antal primära prediktionsmetoder (olika typer: signalpeptid, beta-barrel, transmembranspiraler och subcellulära lokaliseringsprediktorer). I författarens benchmark presterade MetaLocGramN bättre jämfört med andra SCL-prediktiva metoder, eftersom den genomsnittliga Matthews-korrelationskoefficienten nådde 0,806, vilket förbättrade den prediktiva förmågan med 12% (jämfört med PSORTb3). MetaLocGramN kan köras via SOAP . | 2012 | ||
| MirZ | MirZ är en webbserver som för utvärdering och analys av miRNA. Den integrerar två miRNA-resurser: smiRNAdb miRNA-uttrycksatlasen och E1MMo miRNA-målförutsägelsealgoritmen. ( bio.tools post ) | http://www.mirz.unibas.ch | 2009 | |
| MitPred | Webbserver speciellt utbildad för att förutsäga de proteiner som är avsedda att lokaliseras i mitokondrier, särskilt i jäst och djur. ( bio.tools post ) | http://www.imtech.res.in/raghava/mitpred/ | 2006 | |
| MultiLoc | En SVM-baserad förutsägelsemotor för ett brett utbud av subcellulära platser. | 2006 | ||
| Mycosub | Denna webbserver användes för att förutsäga de subcellulära lokaliseringarna av mykobakteriella proteiner baserat på optimala tripeptidkompositioner. ( bio.tools post ) | http://lin.uestc.edu.cn/server/Mycosub | 2015 | |
| NetNES | Förutsägelse av de leucinrika kärnexportsignalerna (NES) i eukaryota proteiner ( bio.tools entry ) | http://cbs.dtu.dk/services/NetNES/ | 2004 | |
| ngLOC | ngLOC är en n-gram-baserad Bayesian klassificerare som förutsäger subcellulär lokalisering av proteiner både i prokaryoter och eukaryoter. Den totala prediktionsnoggrannheten varierar från 85,3 % till 91,4 % mellan arter. ( bio.tools post ) | http://genome.unmc.edu/ngLOC/index.html | 2007 | |
| OBCOL | Mjukvara som vi designade för att utföra organellbaserad kolokaliseringsanalys från multi-fluoroformikroskopi 2D, 3D och 4D cellavbildning. ( bio.tools post ) | http://obcol.imb.uq.edu.au/ | 2009 | |
| PA-SUB | PA-SUB (Proteome Analyst Specialized Subcellular Localization Server) kan användas för att förutsäga den subcellulära lokaliseringen av proteiner med hjälp av etablerade maskininlärningstekniker. ( bio.tools post ) | http://www.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/Sub/ | 2004 | |
| PharmMapper | PharmMapper är en webbserver som identifierar potentiella läkemedelsmål från sin PharmTargetDB för en given ingångsmolekyl. Potentiella mål identifieras från en förutsägelse av det rumsliga arrangemanget av egenskaper som är väsentliga för en given molekyl att interagera med ett mål. ( bio.tools post ) | http://59.78.96.61/pharmmapper | 2010 | |
| PlantLoc | PlantLoc är en webbserver för att förutsäga subcellulär lokalisering av växtproteiner genom substantialitetsmotiv. ( bio.tools post ) | http://cal.tongji.edu.cn/PlantLoc/ | 2013 | |
| PRED-TMBB | PRED-TMBB är ett verktyg som tar en gramnegativ bakterieproteinsekvens som input och förutsäger de transmembrana strängarna och sannolikheten att det är ett beta-fatprotein från yttre membran. Användaren kan välja mellan tre olika avkodningsmetoder. ( bio.tools post ) | http://bioinformatics.biol.uoa.gr/PRED-TMBB/ | 2004 | |
| PredictNLS | Förutsägelse och analys av nukleära lokaliseringssignaler ( bio.tools entry ) | https://www.rostlab.org/owiki/index.php/PredictNLS | 2000 | |
| PredictProtein Open | Förutsägelse av olika aspekter av proteinstruktur och funktion. En användare kan skicka en förfrågan till servern utan registrering. ( bio.tools post ) | http://ppopen.informatik.tu-muenchen.de/ | 2014 | |
| PREP Suite | Sviten PREP (Predictive RNA Editors for Plants) förutsäger platser för RNA-redigering baserat på principen att redigering i växtorganeller ökar bevarandet av proteiner över arter. Prediktorer för mitokondriella gener, kloroplastgener och justeringar som matas in av användaren ingår. ( bio.tools post ) | http://prep.unl.edu/ | 2009 | |
| ProLoc-GO | ProLoc-GO är en effektiv sekvensbaserad metod genom att utvinna informativa Gene Ontology-termer för att förutsäga protein subcellulär lokalisering. ( bio.tools post ) | http://140.113.239.45/prolocgo/ | 2008 | |
| ProLoc | Evolutionär stödvektormaskin (ESVM) baserad klassificerare med automatiskt urval från en stor uppsättning fysikalisk-kemiska sammansättning (PCC) funktioner för att designa ett exakt system för att förutsäga protein subnukleär lokalisering. ( bio.tools post ) | http://140.113.239.45/proloc/ | 2007 | |
| Protegen | Protegen är en webbaserad databas och analyssystem som kurerar, lagrar och analyserar skyddande antigener. Protegen inkluderar grundläggande antigeninformation och experimentellt bevis samlat från referentgranskade artiklar. Den innehåller också detaljerad information om gen/protein (t.ex. DNA- och proteinsekvenser och COG-klassificering). Olika antigenegenskaper, såsom proteinvikt och pl, och subcellulära lokaliseringar av bakterieproteiner är förberäknade. ( bio.tools post ) | http://www.violinet.org/protegen | 2011 | |
| Proteomeanalytiker | Proteome Analyst är ett verktyg med hög genomströmning för att förutsäga egenskaper för varje protein i ett proteom. Användaren tillhandahåller ett proteom i fasta-format, och systemet använder Psi-blast, Psipred och Modeller för att förutsäga proteinfunktion och subcellulär lokalisering. Proteome Analyst använder maskininlärda klassificerare för att förutsäga saker som GO molekylär funktion. Användarlevererad träningsdata kan också användas för att skapa anpassade klassificerare. ( bio.tools post ) | http://www.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/ | 2004 | |
| ProTox | ProTox är en webbserver för in silico förutsägelse av orala toxiciteter hos små molekyler i gnagare. ( bio.tools post ) | http://tox.charite.de/tox | 2018 | |
| PSLpred | Metod för subcellulära lokaliseringsproteiner tillhör prokaryota genom. ( bio.tools post ) | http://www.imtech.res.in/raghava/pslpred/ | 2005 | |
| PSORTb | PSORTb (för "bakteriell" PSORT) är en lokaliseringsförutsägelsemetod med hög precision för bakteriella proteiner. PSORTb har förblivit den mest exakta prediktorn för bakteriell protein subcellulär lokalisering (SCL) sedan den först gjordes tillgänglig 2003. PSORTb-versionen förbättrad återkallelse, högre proteom -skala förutsägelse täckning, och nya förfinade lokalisering underkategorier. Det är den första SCL-prediktorn specifikt anpassad för alla prokaryoter, inklusive arkéer och bakterier med atypiska membran-/cellväggstopologier. ( bio.tools post ) | http://www.psort.org/psortb/ | 2010 | |
| PSORTdb | PSORTdb (del av PSORT-familjen) är en databas med proteinsubcellulära lokaliseringar för bakterier och arkéer som innehåller både information som bestämts genom laboratorieexperiment (ePSORTdb-datauppsättning) och beräkningsförutsägelser (cPSORTdb-datauppsättning). ( bio.tools post ) | http://db.psort.org | 2010 | |
| psRobot | psRobot är ett webbaserat verktyg för metaanalys av små RNA från växter. psRobot beräknar stam-loop-liten RNA-förutsägelse, som anpassar användaruppladdade sekvenser till det valda genomet, extraherar deras förutsagda prekursorer och förutsäger om prekursorerna kan vikas till en stam-loopformad sekundär struktur. psRobot beräknar också små RNA-målförutsägelser, som förutsäger möjliga mål för användartillhandahållna små RNA-sekvenser från det valda transkriptbiblioteket. ( bio.tools post ) | http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/ | 2012 | |
| pMÅL | pTARGET förutsäger den subcellulära lokaliseringen av eukaryota proteiner baserat på förekomstmönstren av platsspecifika proteinfunktionella domäner och aminosyrasammansättningsskillnaderna i proteiner från nio distinkta subcellulära platser. ( bio.tools post ) | http://bioinformatics.albany.edu/~ptarget | 2006 | |
| RegPhos | RegPhos är en databas för utforskning av fosforyleringsnätverket associerat med en inmatning av gener/proteiner. Subcellulär lokaliseringsinformation ingår också. ( bio.tools post ) | http://regphos.mbc.nctu.edu.tw/ | 2011 | |
| RepTar | RepTar är en databas med miRNA-målförutsägelser, baserad på RepTar-algoritmen som är oberoende av evolutionära bevarandeöverväganden och inte är begränsad till fröparningsplatser. ( bio.tools post ) | http://reptar.ekmd.huji.ac.il | 2011 | |
| RNApredator | RNApredator är en webbserver för förutsägelse av bakteriella sRNA-mål. Användaren kan välja från ett stort urval av genom. Tillgänglighet av målet till sRNA beaktas. ( bio.tools post ) | http://rna.tbi.univie.ac.at/RNApredator | 2011 | |
| S-PSorter | En ny cellstrukturdriven klassificerarekonstruktionsmetod för att förutsäga bildbaserad proteinsubcellulär lokalisering genom att använda den tidigare biologiska strukturella informationen. ( bio.tools post ) | https://github.com/shaoweinuaa/S-PSorter | 2016 | |
| SCHloro | Förutsägelse av protein sub-kloroplastinsk lokalisering. ( bio.tools post ) | http://schloro.biocomp.unibo.it | 2017 | |
| SKLAPP | En adaptiv förstärkningsmetod för att förutsäga subkloroplastlokalisering av växtproteiner. | 2013 | ||
| SCLPred | SCLpred protein subcellulär lokalisering förutsägelse av N-till-1 neurala nätverk. | 2011 | ||
| SCLpred-EMS | Subcellulär lokaliseringsförutsägelse av endomembransystem och proteiner i sekretorisk väg genom Deep N-to-1 Convolutional Neural Networks | http://distilldeep.ucd.ie/SCLPred2/ | 2020 | |
| SCLpred-MEM | Subcellulär lokaliseringsförutsägelse av membranproteiner genom djupa N-till-1 konvolutionella neurala nätverk | http://distilldeep.ucd.ie/SCLPred-MEM/ | 2021 | |
| SecretomeP | Förutsägelser om icke-klassisk (dvs inte signalpeptidutlöst) proteinsekretion ( bio.tools entry ) | http://cbs.dtu.dk/services/SecretomeP/ | 2005 | |
| SemiBiomarker | Nytt semi-övervakat protokoll som kan använda omärkta cancerproteindata i modellkonstruktion genom en iterativ och inkrementell träningsstrategi. Det kan resultera i förbättrad noggrannhet och känslighet för subcellulär lokaliseringsskillnadsdetektering. ( bio.tools post ) | http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/SemiBiomarker/ | 2015 | |
| SherLoc | En SVM-baserad prediktor som kombinerar MultiLoc med textbaserade funktioner härledda från PubMed-abstrakt. | 2007 | ||
| SUBA3 | En subcellulär lokaliseringsdatabas för Arabidopsis-proteiner, med sökgränssnitt online. ( bio.tools post ) | http://suba3.plantenergy.uwa.edu.au/ | 2014 | |
| SubChlo | Beräkningssystem för att förutsäga proteinsubkloroplastpositioner från dess primära sekvens. Den kan lokalisera proteinet vars subcellulära placering är kloroplast i en av de fyra delarna: hölje (som består av yttre membran och inre membran), tylakoidlumen, stroma och tylakoidmembran. ( bio.tools post ) | http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/subchlo/ | 2009 | |
| SuperPred | SuperPred-webbservern jämför det strukturella fingeravtrycket för en ingående molekyl med en databas med läkemedel kopplade till deras läkemedelsmål och påverkade vägar. Eftersom den biologiska effekten är väl förutsägbar, om den strukturella likheten är tillräcklig, tillåter webbservern prognoser om det medicinska indikationsområdet för nya föreningar och att hitta nya ledtrådar för kända mål. Sådan information kan vara användbar vid läkemedelsklassificering och målförutsägelse. ( bio.tools post ) | http://bioinformatics.charite.de/superpred | 2008 | |
| SuperTarget | Webresurs för att analysera interaktioner mellan läkemedel och mål. Integrerar läkemedelsrelaterad information associerad med medicinska indikationer, negativa läkemedelseffekter, läkemedelsmetabolism, vägar och Gene Ontology (GO) termer för målproteiner. ( bio.tools post ) | http://bioinformatics.charite.de/supertarget/ | 2012 | |
| SwissTargetPrediction | SwissTargetPrediction är en webbserver för målförutsägelse av bioaktiva små molekyler. Denna webbplats låter dig förutsäga målen för en liten molekyl. Genom att använda en kombination av 2D- och 3D-likhetsmått, jämför den frågemolekylen med ett bibliotek med 280 000 föreningar aktiva på mer än 2000 mål från 5 olika organismer. ( bio.tools post ) | http://www.swisstargetprediction.ch | 2014 | |
| T3DB | Toxin and Toxin-Target Database (T3DB) är en unik bioinformatikresurs som sammanställer omfattande information om vanliga eller allestädes närvarande toxiner och deras toxinmål. Varje T3DB-post (ToxCard) innehåller över 80 datafält som ger detaljerad information om kemiska egenskaper och deskriptorer, toxicitetsvärden, protein- och gensekvenser (för både mål och toxiner), molekylära och cellulära interaktionsdata, toxikologiska data, mekanistisk information och referenser. Denna information har extraherats manuellt och manuellt verifierats från många källor, inklusive andra elektroniska databaser, statliga dokument, läroböcker och vetenskapliga tidskrifter. Ett nyckelfokus för T3DB är att ge "djup" över ??bredd?? med detaljerade beskrivningar, verkningsmekanismer och information om toxiner och toxinmål. Potentiella tillämpningar av T3DB inkluderar klinisk metabolomik, förutsägelse av toxinmål, förutsägelse av toxicitet och utbildning i toxikologi. ( bio.tools post ) | http://www.t3db.org | 2010 | |
| TALANG | Transcription activator-like (TAL) Effector-Nucleotide Targeter 2.0 (TALE-NT) är en uppsättning webbaserade verktyg som möjliggör anpassad design av TAL-effektorupprepningsmatriser för önskade mål och förutsägelse av TAL-effektorbindningsställen. ( bio.tools post ) | https://boglab.plp.iastate.edu/ | 2012 | |
| TarFisDock | Target Fishing Dock (TarFisDock) är en webbserver som dockar små molekyler med proteinstrukturer i Potential Drug Target Database (PDTD) i ett försök att upptäcka nya läkemedelsmål. ( bio.tools post ) | http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/ | 2006 | |
| TargetRNA | TargetRNA är ett webbaserat verktyg för att identifiera mRNA-mål för små icke-kodande RNA i bakteriearter. ( bio.tools post ) | http://cs.wellesley.edu/~btjaden/TargetRNA2/ | 2008 | |
| MålP | Förutsägelse av N-terminala sorteringssignaler. | 2000 | ||
| TDR-mål | Tropical Disease Research (TDR) Databas: Designad och utvecklad för att underlätta snabb identifiering och prioritering av molekylära mål för läkemedelsutveckling, med fokus på patogener som är ansvariga för försummade mänskliga sjukdomar. Databasen integrerar patogenspecifik genomisk information med funktionella data för gener som samlats in från olika källor, inklusive litteraturkuration. Information kan bläddras och frågas. ( bio.tools post ) | http://tdrtargets.org/ | 2012 | |
| TetraMito | Sekvensbaserad prediktor för att identifiera submitokondriers placering av proteiner. ( bio.tools post ) | http://lin.uestc.edu.cn/server/TetraMito | 2013 | |
| TMBETA-NET | Verktyg som förutsäger transmembrana beta-strängar i ett yttre membranprotein från dess aminosyrasekvens. ( bio.tools post ) | http://psfs.cbrc.jp/tmbeta-net/ | 2005 | |
| TMHMM | Förutsägelse av transmembranspiraler för att identifiera transmembranproteiner . | 2001 | ||
| TMPred | TMpred-programmet gör en förutsägelse av membranomspännande regioner och deras orientering. Algoritmen är baserad på den statistiska analysen av TMbase, en databas med naturligt förekommande transmembranproteiner ( bio.tools entry ) | http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED_form.html | 1993 | |
| TPpred 1.0 | Förutsägelse av organellinriktad peptid ( bio.tools inträde ) | http://tppred.biocomp.unibo.it/tppred/default/index | 2013 | |
| TPpred 2.0 | Mitokondriell inriktning av peptidförutsägelse ( bio.tools inträde ) | https://tppred3.biocomp.unibo.it | 2015 | |
| TPpred 3.0 | Organellinriktad peptiddetektering och förutsägelse av klyvningsställe ( bio.tools entry ) | http://tppred3.biocomp.unibo.it/tppred3 | 2015 | |
| TTD | Therapeutic Target Database (TTD) har utvecklats för att ge information om terapeutiska mål och motsvarande läkemedel. TTD innehåller information om framgångsrika, kliniska prövningar och forskningsmål, godkända, kliniska prövningar och experimentella läkemedel kopplade till deras primära mål, nya sätt att få tillgång till data efter läkemedelsverkan, rekursiv sökning av relaterade mål eller läkemedel, likhetsmål och läkemedelssökning, anpassad och fullständig datanedladdning och standardiserat mål-ID. ( bio.tools post ) | http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/ | 2010 | |
| UM-PPS | University of Minnesota Pathway Prediction System (UM-PPS) är ett webbverktyg som känner igen funktionella grupper i organiska föreningar som är potentiella mål för mikrobiella katabola reaktioner och förutsäger omvandlingar av dessa grupper baserat på biotransformationsregler. Förutsägelser på flera nivåer görs. ( bio.tools post ) | http://eawag-bbd.ethz.ch/predict/aboutPPS.html | 2008 | |
| WoLF PSORT | WoLF PSORT är en förlängning av PSORT II-programmet för förutsägelse av subcellulär lokalisering av proteiner. ( bio.tools post ) | https://wolfpsort.hgc.jp/ | 2007 | |
| YLoc | YLoc är en webbserver för förutsägelse av subcellulär lokalisering. Förutsägelser förklaras och biologiska egenskaper som används för förutsägelsen markeras. Dessutom värderar en konfidensuppskattning tillförlitligheten hos individuella förutsägelser. ( bio.tools post ) | http://www.multiloc.org/YLoc | 2010 | |
| Verktyg för zinkfinger | Zinc Finger Tools tillhandahåller flera verktyg för att välja zinkfingerproteinmålplatser och för att designa de proteiner som ska riktas mot dem. ( bio.tools post ) | http://www.scripps.edu/mb/barbas/zfdesign/zfdesignhome.php | 2006 |