Ligandeffektivitet

Ligandeffektivitet är ett mått på bindningsenergin per atom av en ligand till dess bindningspartner, såsom en receptor eller ett enzym.

Ligandeffektivitet används i forskningsprogram för läkemedelsupptäckt för att hjälpa till att minska fokus till att leda föreningar med optimala kombinationer av fysikalisk-kemiska egenskaper och farmakologiska egenskaper.

Matematiskt kan ligandeffektivitet (LE) definieras som förhållandet mellan Gibbs fria energi (ΔG) och antalet icke-väteatomer i föreningen:

LE = (Δ G )/ N

där Δ G = − RT ln K _i och N är antalet icke-väteatomer. Det kan omvandlas till ekvationen:

LE = 1,4(−log IC50 ₎ / N

Andra mätvärden

Vissa tyder på att bättre mått för ligandeffektivitet är procent/potenseffektivitetsindex (PEI), bindningseffektivitetsindex (BEI) och ytbindningseffektivitetsindex (SEI) eftersom de är lättare att beräkna och ta hänsyn till skillnaderna mellan element i olika rader av det periodiska systemet. Det är viktigt att notera att PEI är ett relativt mått för att jämföra föreningar som testats under samma förhållanden (t.ex. en enpunktsanalys) och inte är jämförbara vid olika inhibitorkoncentrationer. Även för BEI och SEI måste liknande mätningar användas (t.ex. alltid med pK _i ).

PEI = (% hämning vid en given föreningskoncentration som fraktion: 0 – 1,0) / (molekylvikt, kDa)

BEI = (pKi _, pKd _, eller pIC50 ₎ (molekylvikt, kDa)

/

SEI = (pKi _, pKd eller pIC50 ₎ / (PSA/100 Å ₎

där pKi _, pKd och pIC50 _definieras som −log(Ki ₎_, −log(Kd ₎ respektive −log(IC50 _{) .} Ki och IC50 _i mol / L _.

Författarna föreslår att man plottar föreningarna SEI och BEI på ett plan och optimerar föreningarna mot diagonalen och på så sätt optimerar både SEI och BEI som inkluderar potens, molekylvikt och PSA.

Det finns andra mätvärden som kan vara användbara under träff för att leda optimering : gruppeffektivitet (GE), lipofil effektivitet/lipofil ligandeffektivitet (LipE/LLE), ligandlipofilicitetsindex (LLE _AT ) ligandeffektivitetsberoende lipofilicitet (LELP), skalad passningskvalitet ligandeffektivitet (LE _-skala ), storleksoberoende ligandeffektivitet (SILE).

Se även