LRRC23
| LRRC23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , LRPB7, leucinrik upprepning som innehåller 23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Leucinrikt repeterande protein 23 är ett protein som hos människor kodas av LRRC23 -genen .
Fungera
Funktionen för LRRC23 är okänd. Det är en medlem av den leucinrika repeterande familjen av proteiner, som är kända för att delta i protein-proteininteraktioner . Experimentella bevis tyder på att LRRC23 interagerar med CD28 -proteinet i en väg relaterad till immunsystemet och utvecklingen av regulatoriska T-celler som kontrollerar spontan autoimmun sjukdom.
Proteinsekvens
LRRC23 spänner över 343 rester som innehåller två varianter av internt upprepande sekvenser. Upptäckt och justerat med RADAR, den vanligaste upprepningen är den leucinrika upprepningen, som upprepas 9 gånger i baserna 89-287. Den andra upprepade sekvensen inträffar två gånger i baserna 3-36. RADAR-programmets utdata, nedan, sammanfattar sammansättningen och platsen för alla upprepningar och justerar dem för jämförelse mot varandra.
Det mänskliga genomet producerar tre kända varianter av LRRC23. Den största skarvvarianten, variant 3, innehåller 8 exoner . Varianter 1 och 2 använder alternativa första exoner, och variant 2 utesluter den sjunde exonen, vilket ger den totalt sju exoner som utgör mRNA.
Proteinstruktur
Även om den faktiska strukturen av LRRC23 är okänd, avslöjar jämförelse med kristallstrukturerna för olika liknande proteiner såsom 2OMW A (e-värde 1.00e-17) en struktur som är typisk för andra leucinrika repeterande proteiner. Omväxlande beta-ark och spolar skapar en spiralformad peptidkedja som bildar en bågform med beta-ark som upptar den konkava ytan.
Den inriktade strukturen av 2OMW_A med LRRC23 spänner över syrorna 72-272 i LRRC23-proteinet. Konserverade asparaginer är markerade i gult, vilket visar regelbundenhet av avstånd och upprepad struktur inuti. Denna modell genererades med Cn3D-programvara från NCBI .
Vidare läsning
- Maruyama K, Sugano S (januari 1994). "Oligo-capping: en enkel metod för att ersätta lockstrukturen för eukaryota mRNA med oligoribonukleotider". Gene . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 .
- Ansari-Lari MA, Muzny DM, Lu J, Lu F, Lilley CE, Spanos S, Malley T, Gibbs RA (april 1996). "Ett genrikt kluster mellan CD4- och triosefosfatisomerasgenerna vid human kromosom 12p13" . Genomforskning . 6 (4): 314–26. doi : 10.1101/gr.6.4.314 . PMID 8723724 .
- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (sep 1996). "Normalisering och subtraktion: två metoder för att underlätta genupptäckt" . Genomforskning . 6 (9): 791–806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID 8889548 .
- Ansari-Lari MA, Shen Y, Muzny DM, Lee W, Gibbs RA (mars 1997). "Storskalig sekvensering i human kromosom 12p13: experimentell och beräkningsgenstruktur bestämning" . Genomforskning . 7 (3): 268–80. doi : 10.1101/gr.7.3.268 . PMID 9074930 .
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (okt 1997). "Konstruktion och karakterisering av ett fullängdsanrikat och ett 5'-ändsanrikat cDNA-bibliotek". Gene . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 .
- Tasheva ES, An K, Boyle DL, Conrad GW (2006). "Uttryck och lokalisering av leucinrikt B7-protein i mänskliga ögonvävnader". Molekylär syn . 11 : 452–60. PMID 16030496 .
externa länkar
- LRRC23 human genplacering i UCSC Genome Browser .
- LRRC23 mänskliga gendetaljer i UCSC Genome Browser .