Kimmen Sjölander

Kimmen Sjölander
Alma mater	University of California
Känd för	Proteinsyntesanalys
Vetenskaplig karriär
institutioner	University of California, Berkeley

Kimmen Sjölander (född Warnow) är professor emerita vid University of California, Berkeley vid Institutionen för bioteknik. Hon är välkänd för sitt arbete med proteinsekvensanalys .

Biografi

Sjölander gjorde både sitt grund- och doktorandarbete vid University of California, Santa Cruz vid Institutionen för datavetenskap, och tog en kandidatexamen 1993 och en doktorsexamen 1997 under ledning av David Haussler . Hon var chefsforskare i Molecular Applications Group från 1997-1999 (företag som grundades av Michael Levitt ) och sedan huvudforskare i proteininformatik vid Celera Genomics från 1999-2001, där hon var medlem i teamet (tillsammans med J Craig Venter och Gene Myers ) som samlade och kommenterade det mänskliga genomet. Hon började på fakulteten vid University of California, Berkeley vid Institutionen för bioteknik 2001 som biträdande professor. Hon anställdes 2006 och befordrades till professor 2012.

Utmärkelser

Sjölander fick NSF CAREER Award och Presidential Early Career Award för forskare och ingenjörer 2003.

Forskning

Sjölander är mest känd för sitt arbete med fylogenomiska metoder för proteinsekvensanalys, inklusive maskininlärningsmetoder för förutsägelse av funktionella platser och ortologidentifiering, och metoder för dolda Markov-modeller (HMM) för förutsägelse av proteinstruktur, funktionell underfamilj och ortologklassificering, fjärrhomologidetektion , multipelsekvensinriktning och fylogenetisk träduppskattning. Hennes algoritmer användes i den funktionella annoteringen av det mänskliga genomet vid Celera Genomics , i PhyloFacts bioinformatikdatabaser och portaler, och bidrog till ModBase -databasen.

Personlig

Sjölanders tvillingsyster Tandy Warnow är professor i datavetenskap vid University of Illinois Urbana–Champaign .

Utvalda publikationer

•   Venter, J Craig ; et al. (2001), "The sequence of the human genome", Science , 291 (5507): 1304–1351, Bibcode : 2001Sci...291.1304V , doi : 10.1126/science.1058040 , PMID 1518199 .

• Krogh, Anders ; Brown, Michael; Mian, Saira; Sjölander, Kimmen; Haussler, David (1994), "Hidden Markov models in computational biology: Applications to protein modeling", Journal of Molecular Biology , 235   (5): 1501–1531, doi : 10.1006/jmbi.1994.1104 , PMID 8107089 .

•   Sjolander, Kimmen; Karplus, Kevin ; Brown, Michael; Hughey, Richard; Krogh, Anders ; Mian, Saira; Haussler, David (1996), "Dirichlet-blandningar: en metod för förbättrad detektion av svag men signifikant proteinsekvenshomologi", Bioinformatics , 12 ( 4): 327–345, doi : 10.1093/bioinformatics/12.4.327 , PMID 8902360 .