KIAA0090
KIAA0090 är en human gen som kodar för ett protein med okänd funktion. KIAA0090 har två alias OTTHUMP00000002581 och RP1-43E13.1. Genen kodar för flera transkriptvarianter som kan lokaliseras till olika subcellulära avdelningar. KIAA0090 interagerar med flera effektorproteiner. KIAA0090 innehåller en konserverad COG1520 WD40-liknande upprepad domän som anses vara metoden för sådan interaktion.
Karakterisering av KIAA0090-genen och dess transkriptionsprodukter
KIAA0090 finns på kromosom ett i p-armen på plats 1p36.132. Den täcker 36,74 kb, från baspar 19451486 till 19414744. Genen är sammansatt av 37 gt-at-introner/alternativa introner med 57 exoner uttryckta i 1 osplitsad form av 4253 bp och 20 alternativt splitsade former av olika längder. Genen har 8 troliga promotorer. Genen flankeras av UBR4 till höger och MRTO4 till vänster. Denna information visas grafiskt i figur 1 .
Uttryckta sekvenstaggar och isolerade cDNA- kloner indikerar att KIAA0090 uttrycks överallt i låga till måttliga nivåer i hela kroppen. Detta inkluderar men är inte begränsat till testis, tunga, lunga, lillhjärna, hjärna, bröstkörtel, luftstrupe, placenta, matstrupe, spottkörtel, hjärna, hippocampus, amygdale, benmärg, talamus, mjälte, livmoder, tymus, njure, öga, hjärta, gallblåsa, prostata, lever, bisköldkörtel, äggstock, mage, skelettmuskulatur, kolon, bukspottkörtel och hud. Uttrycket av KIAA0090 förändras under hela utvecklingen ( embryogenes , foster, vuxen, etc.) och under karcinogenesen . Bevis indikerar en korrelation mellan tillstånd och uttrycksnivå men det finns inga data som tyder på att KIAA0090 är ansvarig för någon sjukdom eller utvecklingsstadium.
mRNA för denna gen kodar för 18 proteinisoformer6 . De återstående 3 skarvvarianterna har inga bevis som stöder deras förmåga att översättas.
Karakterisering av proteinprodukten KIAA0090
Analys indikerar att den osplitsade proteinprodukten KIAA0090 är 993 aminosyror lång med en isoelektrisk punkt på 7,418 och en molekylvikt på 111765,73 Dalton. Den primära strukturen av detta protein innehåller 4 konserverade domäner. Detta inkluderar en signalpeptid från position 1 till 22, en COG1520 WD40-liknande domän, en leucinblixtlåsdomän, en DUF1620-domän (domän med okänd funktion) och en transmembrandomän. Dessa kan ses i figur 2 . Flera konserverade cysteinrester är närvarande vid positionerna 226, 235, 335, 364, 449, 581, 675, 925 och 985. Flera interna lokaliseringssignaler är också närvarande. Beroende på splitsningsresultat och posttranslationell modifiering indikerar dessa ytterligare signaler att proteinet kan lokaliseras till peroxisomen, plasmamembranet, utanför cellen, cytosolen, kärnan eller mitokondrierna.
Post translationell modifiering av KIAA0090 kan förekomma. Det finns 54 möjliga ställen för fosforylering ; 33 seriner, 10 treoniner och 11 tyrosiner. 3 ställen för N-kopplad glykosylering är närvarande vid resterna 370, 818 och 913. Signalpeptiden kan klyvas mellan resterna 21 och 22.
Denna information visas grafiskt i figur 3 . Struktur bortom det primära förblir predikativ. Bioinformatisk analys ger konsensusdata som också visas i figur 3 . Proteinet är mycket konserverat i hela eukaryoter både i multi- och encellsorganismer. Detta inkluderar men är inte begränsat till djur, växter, svampar och protister.
Den WD40-liknande domänen COG1520 är endast KIAA0090s identifierade funktionella effektordomän. WD40-innehållande proteiner är signalomvandlare involverade i transduktion av signaler till bindningsfaktorer, centromererna och andra effektorer. Samimmunoprecipitationsexperiment har bevisat KIAA0090-interaktion med dessa typer av proteiner; specifikt det centromera proteinet CENPH, BAX-hämmaren TMBI4, ADP-ribosyleringsfaktorn ARF6, kinaset TNIK och transkriptionsrepressorn T22D1. Antalet skarvvarianter indikerar att denna lista förmodligen inte är definitiv. När ytterligare karakterisering är klar kan ytterligare interaktioner förväntas.