Jingmenvirus
| Jingmenvirus | |
|---|---|
| Virus klassificering | |
| (orankad): | Virus |
| Rike : | Riboviria |
| Rike: | Orthornavirae |
| Provins: | Kitrinoviricota |
| Klass: | Flasuviricetes |
| Beställa: | Amarillovirales |
| Familj: | Flaviviridae (?) |
| (orankad): | Jingmenvirus |
| Medlemsvirus | |
|
|
Jingmenvirus är en grupp av positiv-sens enkelsträngade RNA-virus med segmenterade genom . De är främst associerade med leddjur och är ett av endast två kända segmenterade RNA-virus som infekterar djurvärdar. Den första medlemmen i gruppen, Jingmen-fästingsviruset (JMTV), beskrevs 2014. En annan medlem, Guaico Culex-viruset (GCXV), har en högst ovanlig multikomponentarkitektur där genomsegmenten är separat inneslutna i olika virala kapsider.
Exempel
Jingmen fästingvirus
Den första medlemmen i gruppen beskrevs 2014 och fick namnet Jingmen fästingvirus (JMTV) eftersom det isolerades från en fästing som tagits i Jingmen , Kina. Det är ett omslutet sfäriskt virus som är något större än sina närmaste virala släktingar. JMTV-genomet har fyra segment, varav två innehåller gener med sekvenshomologi med icke-strukturella proteiner som finns i flavivirus , inklusive metyltransferas och RNA-beroende RNA-polymeras . De förmodade strukturella proteinerna i JMTV-genomet har inga kända homologer. Förutom identifiering i fästingar har JMTV även identifierats i låg förekomst i myggor som Aedes albopictus .
Guaico Culex-virus
Guaico Culex-viruset (GCXV) rapporterades 2016 efter isolering från Culex- myggor som hittats nära Guaico , Trinidad. Olika isolat av viruset har antingen fyra eller fem genomsegment, även om det femte inte är nödvändigt för viral proliferation. GCXV är ett multikomponentvirus (även känt som multipartit) virus där varje genomsegment är inneslutet i sin egen lilla inkapslade virala kapsid . Minst tre genomsegment, som innehåller gener för icke-strukturella proteiner och kapsidkomponenter, måste komma in i en cell för att framgångsrikt kunna infektera den och reproducera viruset. Innan upptäckten av GMXV hade flerkomponentarkitektur tidigare bara rapporterats i virus som infekterar växter och svampar , och hade aldrig observerats i ett höljevirus.
Andra virus
Genetiskt material som sannolikt tillhör andra jingmenvirus kan identifieras genom bioinformatik . I vissa fall kändes inte sådana sekvenser igen som virala eller den segmenterade naturen hos genomet kändes inte igen innan JMTV beskrevs. Till exempel visade sig det rapporterade genomet för hundparasiten Toxocara canis innehålla sekvenser med homologi med JMTV, vilket troligen representerar en virusinfektion i parasiten som sekvenserades. Mogiana fästingvirus, som rapporterades första gången 2011, är ett liknande exempel; dess segmenterade genom kändes inte igen vid första publiceringen men analyserades på nytt och identifierades som ett jingmenvirus 2017.
Sekvenser med homologi med JMTV har också isolerats från en röd colobusapa , vilket tyder på möjligheten av ett segmenterat, möjligen multikomponentvirus som kan infektera primater . En metagenomisk studie av leddjursflavivirus identifierade ytterligare fem exempel på troliga jingmenvirussekvenser.
Evolution
Jingmenvirus är besläktade med flavivirus , som har icke-segmenterade genom som överförs i en enda kapsid. Homologi har konsekvent observerats mellan generna som kodar för icke-strukturella proteiner från jingmenvirus och flavivirus, inklusive RNA-beroende RNA-polymeras . Den genomiska arkitekturen för de homologa generna varierar emellertid signifikant; det kanoniska flavivirusgenomet består av en enda öppen läsram (ORF) vars proteinprodukt bearbetas av proteaser , medan de icke-strukturella jingmenvirusproteinerna kodas på två genomsegment, som vart och ett innehåller en ORF. Även om det finns få kända jingmenvirussekvenser, verkar gensammansättningen av genomsegmenten vara välkonserverad. Däremot har de förmodade strukturella proteinerna från jingmenvirus som sannolikt utgör dess kapsider ingen homologi med kända proteiner.
Det är slående att de segmenterade jingmenvirusens närmaste kända släktingar är osegmenterade. De evolutionära mekanismerna bakom genomsegmentering och särskilt multikomponentarkitektur är dåligt förstådda. Även om segmenterade genom verkar ha utvecklats flera gånger i viromen , är den evolutionära mekanismen som ligger bakom denna struktur oklar. Det är likaså oklart om multikomponentarkitektur är en distinkt evolutionär strategi eller är en artefakt av segmenteringsmekanismen, möjligen via bildandet av defekta störande partiklar .