Jästsaft
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Transcriptional Regulatory Associations in Saccharomyces cerevisiae |
| Organismer | Saccharomyces cerevisiae |
| Kontakt | |
| Författare | http://yeastract.com/credits.php |
| Primärt citat | Teixeira et al. (2006) |
| Utgivningsdatum | 2006 |
| Tillgång | |
| Hemsida | http://www.yeastract.com |
YEASTRACT ( Yea st Search for T ranscriptional R egulators And C onsensus T racking) är ett kurerat arkiv med mer än 48 000 regulatoriska associationer mellan transkriptionsfaktorer (TF) och målgener i Saccharomyces cerevisiae , baserat på mer än 1200 bibliografiska referenser. Den inkluderar också beskrivningen av cirka 300 specifika DNA-bindningsställen för mer än hundra karakteriserade TF: er. Ytterligare information om varje jästgen har extraherats från Saccharomyces Genome Database ( SGD). För varje gen erhölls de associerade Gene Ontology (GO) termerna och deras hierarki i GO från GO-konsortiet. För närvarande har YEASTRACT mer än 7100 villkor från GO. Nukleotidsekvenserna för promotorn och de kodande regionerna för jästgener erhölls från Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT). All information i YEASTRACT uppdateras regelbundet för att matcha de senaste uppgifterna från SGD, GO-konsortiet, RSA Tools och ny litteratur om jästreglerande nätverk.
YEASTRACT inkluderar DISCOVERER, en uppsättning verktyg som kan användas för att identifiera komplexa motiv som visar sig vara överrepresenterade i promotorregionerna av samreglerade gener. DISCOVERER är baserad på MUSA-algoritmen. Dessa algoritmer tar som indata en lista över gener och identifierar överrepresenterade motiv, som sedan kan jämföras med transkriptionsfaktorbindningsställen som beskrivs i YEASTRACT-databasen.
Faciliteter tillhandahålls också för att möjliggöra utnyttjande av den insamlade informationen vid lösning av ett antal biologiska frågor, som exemplifieras i handledningen. YEASTRACT tillåter identifiering av dokumenterade eller potentiella transkriptionsregulatorer för en given gen och av dokumenterade eller potentiella reguloner för varje transkriptionsfaktor. Det gör också jämförelsen mellan DNA-motiv och transkriptionsfaktorbindningsställena som beskrivs i litteraturen möjlig. Systemet tillhandahåller också en användbar mekanism för att gruppera en lista med gener (till exempel en uppsättning gener med liknande uttrycksprofiler som avslöjas av mikroarrayanalys) baserat på deras regulatoriska associationer med kända transkriptionsfaktorer.
YEASTRACT tillhandahåller en uppsättning frågor för att söka och hämta viktig biologisk information från insamlade data och för att förutsäga transkriptionsreglerande nätverk i jäst från data som kommer från gen-för-gen-analys eller globala tillvägagångssätt.