Jästmetabolomdatabas
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Metabolomics databas |
|
Datatyper infångade |
Jästmetabolitstrukturer, metabolitbeskrivningar, metabolitreaktioner, metabolitenzymer och transportörer, jästenzym- och transportörsekvenser, kemiska egenskaper, nomenklatur, synonymer, kemisk taxonomi, metabolit-NMR-spektra, metabolit GC-MS-spektra, metabolit LC-MS-spektra |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | University of Alberta och The Metabolomics Innovation Center |
| Laboratorium | David S. Wishart |
| Primärt citat | Jästmetabolomdatabasen. |
| Tillgång | |
| Hemsida | http://www.ymdb.ca |
| Ladda ner URL | http://www.ymdb.ca/downloads |
| Diverse | |
| Frekvens för datautgivning |
Vart 2-3 år med periodiska korrigeringar och uppdateringar |
| Kurationspolicy | Manuellt kurerad |
Yeast Metabolome Database ( YMDB ) är en omfattande, högkvalitativ, fritt tillgänglig, onlinedatabas över småmolekylära metaboliter som finns i eller produceras av Saccharomyces cerevisiae ( bagerijäst ). YMDB har utformats för att underlätta om jästmetabolomik , särskilt inom områdena allmän jäsning samt analys av vin, öl och fermenterad mat. YMDB stöder identifiering och karakterisering av jästmetaboliter med hjälp av NMR-spektroskopi , GC-MS- spektrometri och vätskekromatografi-masspektrometri (LC-MS-spektrometri). YMDB innehåller två typer av data: 1) kemiska data och 2) molekylärbiologi / biokemidata . De kemiska data inkluderar 2027 metabolitstrukturer med detaljerade metabolitbeskrivningar tillsammans med nästan 4000 NMR , GC-MS och LC/MS- spektra.
De biokemiska data inkluderar 1104 proteinsekvenser (och DNA ) och mer än 900 biokemiska reaktioner (Fig. 1) som är kopplade till dessa metabolitposter. Varje metabolitpost i YMDB innehåller mer än 80 datafält där 2/3 av informationen ägnas åt kemiska data och den andra 1/3 ägnas åt enzymatiska eller biokemiska data. Många datafält är hyperlänkade till andra databaser ( KEGG , PubChem , MetaCyc , ChEBI , Protein Data Bank , UniProt och GenBank ) och en mängd olika struktur- och vägvisningsapplets. YMDB-databasen stöder omfattande text-, sekvens-, spektral-, kemisk struktur- och relationssökningar.
Omfattning och tillgång
All data i YMDB är icke-proprietär eller härledd från en icke-proprietär källa. Den är fritt tillgänglig och tillgänglig för alla. Dessutom är nästan varje datapost helt spårbar och hänvisas uttryckligen till den ursprungliga källan. YMDB-data är tillgänglig via ett offentligt webbgränssnitt och nedladdningar.
Användare kan söka igenom YMDB med hjälp av en mängd olika databasspecifika verktyg. Den enkla textfrågan stöder allmänna textfrågor för databasens textkomponent. Genom att välja antingen metaboliter eller proteiner i fältet "sök efter" är det möjligt att begränsa sökningen och de returnerade resultaten till endast de data som är associerade med metaboliter eller med proteiner. YMDB:s bläddringsverktyg genererar en tabellöversikt över YMDB:s innehåll (Fig. 2). Den här webbläsarvyn låter användare bläddra igenom databasen eller sortera om dess innehåll. Genom att klicka på en given MetaboCard-knapp visas hela datainnehållet för motsvarande metabolit (Fig. 3). Under söklänken hittar användare ett antal sökalternativ listade i en rullgardinsmeny. Alternativet Chem Query låter användare rita (med MarvinSketch-applet eller ChemSketch-applet) eller skriva ( SMILES -sträng) en kemisk förening och söka i YMDB efter kemikalier som liknar eller är identiska med frågeföreningen. Alternativet Avancerad sökning stöder en mer sofistikerad textsökning av textdelen av YMDB. Sekvenssökningsknappen låter användare utföra BLAST ( protein ) sekvenssökningar av alla sekvenser som finns i YMDB. Både enkel- och multipelsekvens (dvs hela proteom ) BLAST- frågor stöds. YMDB stöder också ett Data Extractor-alternativ som gör att specifika datafält eller kombinationer av datafält kan sökas och/eller extraheras. Spektralsökningar av YMDB:s referenssammansättning NMR- och MS-spektraldata stöds också genom dess MS-, MS/MS- , GC-MS- och NMR Spectra Search-länkar. Användare kan ladda ner YMDB:s fullständiga textdata, kemiska strukturer och sekvensdata genom att klicka på knappen Ladda ner.