Intron-medierad förbättring

Intron-medierad förstärkning (IME) är förmågan hos en intronsekvens att förstärka uttrycket av en gen som innehåller det intronet. I synnerhet måste intronet vara närvarande i den transkriberade regionen av genen för att förstärkning ska ske, vilket skiljer IME från verkan av typiska transkriptionsförstärkare . Beskrivningar av detta fenomen publicerades först i odlade majsceller 1987, och termen "intron-medierad förbättring" myntades därefter 1990. Ett antal publikationer har visat att detta fenomen är bevarat över eukaryoter , inklusive människor, möss, Arabidopsis , ris och C. elegans . Men mekanismen/mekanismerna som IME fungerar med är fortfarande inte helt klarlagda.

När man testar för att se om ett givet intron förstärker uttrycket av en gen, är det typiskt att jämföra uttrycket av två konstruktioner , en som innehåller intronen och en utan den, och att uttrycka skillnaden mellan de två resultaten som en " faldig ökning " i förbättring. Ytterligare experiment kan specifikt peka på IME som orsaken till uttrycksförbättring - en av de vanligaste är att flytta intronet uppströms om transkriptionsstartstället och ta bort det från transkriptet. Om intronet inte längre kan förstärka uttrycket är inkludering av intronet i transkriptet viktigt, och intronet orsakar troligen IME.

Inte alla introner förbättrar genuttrycket, men de som gör det kan förstärka uttrycket mellan 2– och >1 000 gånger i förhållande till en intronlös kontroll. I Arabidopsis och andra växtarter har IMEter utvecklats för att beräkna sannolikheten för att en intronsekvens kommer att förbättra genuttrycket. Den gör detta genom att beräkna en poäng baserat på mönstren för nukleotidsekvenser inom målsekvensen. Positionen för en intron i transkriptet är också viktig - ju närmare en intron är början (5'-änden) av ett transkript, desto större är dess förstärkning av genuttryck.