Institutet för sjukdomsmodellering
Institute for Disease Modeling (IDM) är ett institut inom Global Health Division av Bill and Melinda Gates Foundation . IDM grundades 2008 som en del av Global Good Fund, ett ideellt dotterbolag till Intellectual Ventures (IV) finansierat av Bill och Melinda Gates, och har i mitten av 2020 övergått till Gates Foundation.
IDM är specialiserat på matematisk modellering av infektionssjukdomar och annan kvantitativ global hälsoforskning . Dess modeller inkluderar malaria, polio, mässling, COVID-19 och HIV (med EMOD). IDM släpper källkoden för sina stabila modeller till allmänheten. Under IV, var institutet beläget i Bellevue, Washington . Efter utbrottet av covid-19 i delstaten Washington har IDM övergått till helt distansarbete utan fysiska kontor. Det kommer så småningom att flytta till Gates Foundations huvudkontor i Seattle . [ citat behövs ]
Programvara för sjukdomsmodellering
EMOD är gruppens individuellt baserade sjukdomsmodelleringsprogram (inte en kompartmentmodell) initialt kodad c. 2005. Den har släppts för allmänheten som programvara med öppen källkod . Programvaran kan modellera malaria, HIV, tuberkulos, mässling, dengue, polio och tyfus.
Under 2020 utvecklade IDM en utsedd covid-19 agentbaserad modell med namnet "Covasim." Den användes initialt för att ge råd om beslutsfattande under covid-19-pandemin i Oregon och i delstaten Washington , vilket fick nationell uppmärksamhet. Covasim, kodad i Python , är öppen källkod och har använts av oberoende forskare runt om i världen.
Källor
- Jeffrey W Eaton; Nicolas Bacaër; Anna Bershteyn; Valentina Cambiano; Anne Cori; Rob E Dorrington; et al. (Oktober 2015), "Utvärdering av epidemiprojektioner med hjälp av nya HIV-undersökningsdata i Sydafrika: en valideringsanalys av tio matematiska modeller för HIV-epidemiologi i antiretroviral terapieran", The Lancet , 3 (10): e598 – e608 , doi : 10.1016/S2214-109X(15)00080-7 , PMID 26385301
- Bershteyn, Anna; Gerardin, Jaline; Bridenbecker, Daniel; Lorton, Christopher W; Bloedow, Jonathan; Baker, Robert S; Chabot-Couture, Guillaume; Chen, Ye; Fischle, Thomas; Frey, Kurt; Gauld, Jillian S; Hu, Hao; Izzo, Amanda S; Klein, Daniel J; Lukacevic, Dejan; McCarthy, Kevin A; Miller, Joel C; Ouedraogo, Andre Lin; Perkins, T Alex; Steinkraus, Jeffrey; ten Bosch, Quirine A; Ting, Hung-Fu; Titova, Svetlana; Wagner, Bradley G; Welkhoff, Philip A; Wenger, Edward A; " Implementation and applications of EMOD, an individual-based multi-disease modeling platform", Pathogens and Disease , 76 (5), doi : 10.1093/femspd/fty059 , ISSN 2049-632X , 860209 , 860209
externa länkar
- Officiell hemsida
- EMOD på GitHub
- COVID-19 Chapter 11: Modeling , This Podcast Will Kill You , 4 maj 2020, intervju med Dr. Mike Famulare från Institute for Disease Modeling inspelad 29 april 2020 börjar kl. 28:30