Influensaforskningsdatabas
| Databastäckning | |
|---|---|
 för influensaforskning
| |
| Discipliner | Offentlig databas och verktyg |
| Länkar | |
| Hemsida | |
Influensaforskningsdatabasen (IRD) är en integrerad och omfattande allmänt tillgänglig databas och analysresurs för att söka , analysera, visualisera, spara och dela data för influensavirusforskning. IRD är ett av de fem bioinformatikresurscentren (BRC) som finansieras av National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), en del av National Institutes of Health (NIH), som är en byrå från USA:s hälsodepartement och Mänskliga tjänster .
Datatyper i IRD
- Segment-, protein- och stamdata
- Djurövervakningsdata
- Mänskliga kliniska data
- Experimentellt bestämda och förutspådda immunepitoper
- Sekvensfunktioner
- Förutspådda proteindomäner och motiv
- Gene Ontology annoteringar
- Beräknad sekvenskonserveringspoäng
- Clade-klassificering för högpatogen aviär influensa H5N1 HA-sekvenser
- 3D-proteinstrukturer
- PCR-primerdata samlade från litteratur
- Experimentdata från laboratorieexperiment och kliniska prövningar
- Fenotypiska karakteristiska data sammanställda från litteratur
- Serologiska data
- Värdfaktordata
Analys- och visualiseringsverktyg i IRD
- BLAST: tillhandahåller anpassade IRD-databaser för att identifiera de mest relaterade sekvenserna
- Kort peptidsökning: tillåter användare att hitta peptidsekvenser i målproteiner
- Identifiera punktmutationer: identifierar influensaproteiner som har särskilda aminosyror på användarspecificerade positioner
- Multipelsekvensanpassning : tillåter användare att anpassa segment/proteinsekvenser med MUSKEL
- Sequence Alignment Visualization: använder JalView för visualisering av sekvensjustering
- Filogenetisk trädkonstruktion : beräknar ett träd med hjälp av olika algoritmer och evolutionära modeller
- Phylogenetic Tree Visualization: tillåter färgkodad visning av stammetadata på ett träd som genererats med en av flera tillgängliga algoritmer och/eller evolutionära modeller och som visas med Archeopteryx
- 3D-proteinstrukturvisualisering: integrerar PDB-proteinstrukturfiler med sekvenskonserveringspoäng och IRD-sekvensfunktioner och tillhandahåller en interaktiv 3D-proteinstrukturvisare med Jmol
- Sequence Feature Variant Type (SFVT) analys: tillhandahåller ett centraliserat arkiv av funktionella regioner och beräknar automatiskt all observerad sekvensvariation inom varje definierad region
- Metadatadrivet Comparative Analysis Tool for Sequences (Meta-CATS): en automatiserad jämförande statistisk analys för att identifiera positioner som avsevärt skiljer sig åt mellan användardefinierade sekvensgrupper
- Sekvensvariationsanalys (SNP): förberäknad sekvensvariationsanalys i alla IRD-sekvenser; tillåter också användare att beräkna omfattningen av sekvensvariation i användarspecificerade sekvenser
- PCR-primrar/prober: tillhandahåller ett förråd av vanliga primrar för identifiering av influensavirus och beräknar polymorfismerna för alla relaterade IRD-sekvenser vid primerpositionerna
- PCR Primer Design: tillåter PCR-primerdesign för IRD och sekvenser som tillhandahålls av användaren
- Sekvenskommentar: bestämmer den av användaren tillhandahållna nukleotidsekvensens influensatyp, segmentnummer och subtyp (för segment 4 och 6) och översätter nukleotidsekvensen
- HPAI H5N1 Clade Classification: förutsäger kladden av högpatogena H5 HA-sekvenser
- ReadSeq: konverterar mellan olika sekvensformat
- Dataöverföringsverktyg: tillåter användare att skicka in influensasekvenser, sekvensfunktioner och experimentella data online
- Externa analysverktyg: visar en lista och beskrivning av tredjepartsverktyg för mer specialiserade analyser
- Personal Workbench för att spara och dela data och analyser
externa länkar
- Officiell hemsida
- Bioinformatikresurscenter NIAID-sidan som beskriver BRC:s mål och aktiviteter
Kategorier: