SFI bildades genom en sammanslagning av National Swimming Association (NSA) och Indian Swimming Federation (ISF) 1948. Före sammanslagningen hade NSA och ISF varit engagerade i tvister. Medan den Calcutta-baserade NSA fick anslutning från FINA 1932-33, hade ISF stöd av Indian Olympic Association . Unionsregeringen ingrep för att lösa tvisten genom att slå samman de två enheterna för att bilda SFI .
I juli 2017 överlämnade FINA ett certifikat till SFI:s vd Virendra Nanavati under det 17:e FINA-världsmästerskapet för att hedra hans tjänster till disciplinen.
