Hydrogenasmognadsproteasfamiljen
| Hydrogenasmognadsproteashydrogenasmognad | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 endopeptidashybd från t.ex. coli-
| |||||||||
| identifierare | |||||||||
| Symbol | HycI | ||||||||
| Pfam | PF01750 | ||||||||
| Pfam klan | CL0095 | ||||||||
| InterPro | IPR000671 | ||||||||
| MEROPS | A31 | ||||||||
| SCOP2 | 1cfz / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
Inom molekylärbiologi är proteasfamiljen för hydrogenasmognad en familj av asparagindopeptidaser som tillhör MEROPS- familjen A31.
Den stora subenheten av [NiFe] -hydrogenas , såväl som andra nickelmetalloenzymer , syntetiseras som en prekursor som saknar det metalloenzymet aktiva stället. Denna prekursor genomgår en komplex post-translationell mognadsprocess som kräver ett antal accessoriska proteiner . I ett steg av denna process , efter nickelinkorporering, bearbetas varje hydrogenasisoenzym genom proteolytisk klyvning vid den C-terminala änden av motsvarande hydrogenasmognadsendopeptidas. Till exempel Escherichia coli HycI involverad i bearbetning av pre-HycE (den stora subenheten av hydrogenas 3); HybD är involverad i bearbetning av pre-HybC (den stora subenheten av hydrogenas 2); och HyaD antas vara involverad i bearbetningen av den stora subenheten av hydrogenas 1.
Klyvningsstället ligger efter en His eller en Arg , vilket frigör en kort peptid . Denna klyvning sker endast i närvaro av nickel, och endopeptidaset använder troligen metallen i den stora subenheten av [NiFe]-hydrogenaser som ett igenkänningsmotiv. Det finns inga direkta bevis för det aktiva stället eller substratbindningsstället , men det finns förutsägelser baserade på en tillgänglig struktur .
Nomenklaturnotering : följande namn används i olika organismer för medlemmar av denna familj: HycI, HybD, HyaD, HoxM, HoxW, HupD, HynC, HupM, VhoD, VhtD. Gen-/proteinnamn används ibland omväxlande för att beteckna olika "hydrogenasklusterproteiner" som inte är relaterade till varandra i olika organismer . Till exempel används följande namn för medlemmar av denna grupp, men också för icke-relaterade proteiner: HupD används i Azotobacter chroococcum och Anabaena -arter för att beteckna en icke-relaterad hydrogenasmognadsfaktor; HydD används för att beteckna hydrogenasstrukturella gener i Thermococcus litoralis , Pyrococcus abyssi och andra arter.