Hp53int1

Hp53int1
Identifierare
Externa ID:n
Ortologer
	Wikidata
Visa/redigera människa

Humant protein 53 intron 1 (Hp53int1) är ett protein som kodas av Hp53int1 -genen hos människor.

Gen

Figur 1: Placeringen av Hp53int1-protein på kromosom 17p.13, region 7 685 260 bp-7 686 371 bp

Hp53int1-genen är belägen på kromosom 17p.13, kodad av en DNA-sekvens med en längd på 1125 baspar, som täcker region 7,685,260 bp-7,686,371 bp. Hp53int1-genen har två alias, WRAP53int1 och TP53int1, i enlighet med dess överlappning med WRAP53- och TP53int1-generna på kromosom 17. Hp53int1 är beläget nedströms om p53p2-startplatsen.

Hp53int1 har inte flera exoner och har därför inga isoformer.

Viktigt förhållande till TP53

Hp53int1-genen transkriberas i samma riktning som TP53 och finns i TP53-proteinrika myeloid leukemiceller HL-60 och U937. Detta tyder på en stark relation till TP53-genen och efterföljande protein, inklusive en andel av transkriptionsfaktorer, promotorsignaler, vävnadsuttryck och subcellulär lokalisering. Även om dessa gener inte är identiska, kan detta förhållande ge ledtrådar till funktion, struktur och uttryck.

mRNA-transkript

5' UTR-analys: Konsensusveckningen av 5' UTR för Hp53int1. Två slingor bildas av aminosyrorna 1-9 respektive 12-21. De förbindande aminosyrorna i båda slingorna är rika på G och C.

Hp53int1 kodas av ett polyadenylerat transkript med en längd på 1125 baspar. Det finns en upprepad sekvens mellan basparen 633…926 och en regulatorisk Poly A-svanssekvens mellan basparen 496…1000. Upprepningssekvensen mellan baspar 633 och 926 noteras att likna Alu SC-underfamiljen repeat , en sekvens som kännetecknar de vanligaste upprepningssekvenserna hos människor och primater, och som sannolikt avvek från andra Alu-underfamiljkomplex för omkring 32 miljoner år sedan.

Promotorsekvens

Promotorsekvensen för Hp53int1-genen visades vara 540 baspar långa. Transkriptionsfaktorerna SMAD2, SRY och ETV7 hade Basewise Conservation Scores på 2,99, 2,73 respektive 3,03, med värdet 4 som indikerar den högsta bevarandet och -0,5 den lägsta. KLF2 och KLF5 hade poäng på 3,73 vardera. De arter som jämfördes var elefant, hund, rhesusmakak och kyckling.

Protein

Hp53int1-proteinet har en molekylvikt på 13,3 kdal och är 118 aminosyror långt. Det är ett grundläggande protein. Det finns en mycket konserverad aminosyrasekvens mellan 102-110. Serinplatsfördelningen är signifikant högre än arginin- och tyrosinställen. Det finns ett möjligt kaseinkinas II-fosforyleringsställe mellan aminosyrorna 22-25. Kaseinkinas II-fosforylering är involverad i cellproliferation. Tre regioner av störningar förutsägs för Hp53int1-proteinet.

Weblogotypresultat med hjälp av en multipelsekvensjustering mellan Hp53int1 och dess ortologer.

Post translationella ändringar

Det finns ett möjligt O-ß-GlcNAc-ställe mellan aminosyrorna 14-20. Det finns inga transmembrandomäner eller signalpeptider.

Det finns ett konserverat fosforyleringsställe vid S5, S15 och S20.

Förutsägelser för O-ß-GlcNAc i Hp53int1-proteinet som ges av Yin O Yang. De gröna staplarna representerar potentialen för O-ß-GlcNAc-bindningsställen i Hp53int1 och måste nå ett värde > 0,50 för att anses vara en trolig plats. Det finns en förutspådd anslutningsplats för Hp53int1.

Strukturera

Sekundär

Hp53int1-proteinet förutspås innehålla en alfahelix och fem beta-ark. Det finns åtta möjliga proteinbindningsställen.

Tertiär

Den förutsagda tertiära strukturen av Hp53int1-proteinet konstruerat av UnitProt Alpha Fold .

Subcellulär lokalisering

Det finns en 56,5% sannolikhet att Hp53int1-proteinet är lokaliserat i cytoplasman.

Vävnadsuttryck

Det finns låg vävnadsspecificitet för Hp53int1-genen. När man jämför olika prover av vuxna mänskliga vävnader är det högt uttryck i tymus, äggstockar, lymfkörtlar och vita blodkroppar. Det fanns ett högt uttryckspoäng för både RNA-uttryck och proteinuttryck i proximal matsmältningskanal, mag-tarmkanalen och manliga/kvinnliga vävnader. Under fosterutvecklingen mellan vecka 10 och 16 är det förhöjt uttryck i lung- och hjärtvävnader.

Hp53int1 uttrycks differentiellt under förhållanden som kräver cellproliferation eller apoptos, i enlighet med dess kongruens med TP53-tumörsuppressorgenen

Homologi och evolution

Paraloger

Hp53int1-genen visade sig inte ha några paraloger.

Ortologer

Med användning av NCBI BLAST-sekvensanalys och Clustal W formulerades en multipelsekvensanpassning för Hp53int1 och tjugo topp BLAST-träffar.

Även om syftet med denna forskning var att hitta flera ortologer över en mängd olika däggdjur, ryggradsdjur och ryggradslösa djur, fanns det bara resultat i två klasser: primater och bakterier. Dessutom fanns det bara en aminosyrasekvens inom Hp53int1 och dess ortologer med en generell längd på 20 aminosyror som var direkt i linje). Primatgenerna är lokaliserade på kromosom 13 medan Hp53int1 finns på kromosom 17. Det finns också bevis för subcellulär lokalisering av primatproteinerna inom kärnhöljet, medan bevis för Hp53int1 tyder på att det finns i cytoplasman. Det är alltså rimligt att anta att primaterna inte är strikta ortologer. En möjlig förklaring till varför strikta Hp53int1-anpassningar endast finns i bakterier är en möjlig korsningshändelse som delas mellan bakterier och en gemensam förfader till primater.

Det fylogenetiska trädet för Hp53int1 avlägsna ortologer i radiellt format .

Fungera

Hp53int1-proteinet är sannolikt involverat i regleringen av cellulär proliferation och apoptos. Detta indikeras av användningen av proteiner som interagerar med apoptosregulator och ubiquitination regulator, dess andel av transkriptionsfaktorer med TP53 (särskilt SMAD2, SRY och ETV7 transkriptionsfaktorer), dess placering nedströms p53p2 startplatsen, dess kaseinkinas II fosforylering plats och dess allestädes närvarande uttryck över vävnader. Hp53int1-genuttrycket ökar i miljöer när proteiner som minskar cellproliferation överuttrycks, vilket tyder på dess krav i cellulära miljöer som behöver stoppa celltillväxt. Kvantitativ analys visar också att det allmänna hp53-proteinet är absolut nödvändigt för aktiveringen av cellulärt svar på DNA-skada.

Interagerande proteiner

Följande interagerande proteiner hittades för TP53, men kan appliceras på Hp53int1 på grund av deras kromosomala förhållande. Viktigt att notera: funktionerna hos dessa interagerande proteiner är direkt involverade i cellreglering (ubiquitination, transkriptionell regulator, apoptos och protein-tyrosinkinas).

SNP

Det finns två identifierade SNPS för Hp53int1. SNP 15 faller vid position 32 i en sekvens av 43 rester belägna uppströms om den största ORF för TP53-promotom. SNP 20 är sedan lokaliserad 45 bp nedströms om 3'-änden av 1125 bp cDNA (Hp53intl).

Klinisk signifikans

Det finns bevis för att Hp53int1-genen är involverad i tumörsuppression. Hp53int1 överlappar med TP53 exon 1 (TAD1). Mutationer inom denna region kan resultera i alternativt exonuttryck eller ofullständig splitsning och en förlust av tumörsuppressorfunktion. När det gäller osteosarkom har dessa omarrangemang inom TAD1 upptäckts i ~20% av fallen som involverar ofullständig splitsning av TP53. Dessa omarrangemang är lokaliserade över hela sekvensen av TP53 intron 1, men majoriteten av dem kommer att samlas i en domän av Hp53int1-transkriptet, vilket tyder på att dessa omarrangemang kan underlättas av kromatinkonformation inom detta lokus