Holin superfamilj III
Holin Superfamily III är en superfamilj av integrerade membrantransportproteiner . Det är en av de sju olika holin-superfamiljerna totalt. I allmänhet anses dessa proteiner spela en roll i reglerad celldöd, även om funktionaliteten varierar mellan familjer och enskilda medlemmar.
Medlemmar av holin-superfamiljen III kommer från Pseudomonadota , Synergistota , Actinomycetota , Deinococcota och Archaea . Denna superfamilj inkluderar sju TC-familjer:
- 1.E.2 - Familjen λ Holin S (λ Holin).
- 1.E.3 - Familjen P2 Holin (P2 Holin).
- 1.E.4 - Familjen LydA Holin (LydA Holin).
- 1.E.5 - Familjen PRD1 Phage P35 Holin (P35 Holin).
- 1.E.20 - Familjen Pseudomonas aeruginosa Hol Holin (Hol Holin)
- 1.E.34 - Den förmodade Actinobacterial Holin-X (Hol-X) familjen
- 1.E.41 - Familjen Deinococcus/Thermus Holin (D/T-Hol)
Medlemmar av alla familjer (med undantag av Hol-X-familjen; TC# 1.E.34 ) verkar ha tre transmembransegment (TMS). Medlemmar av Hol-X-familjen verkar ha två förmodade TMS. Det saknade TMS i familj 34-proteiner är det N-terminala TMS som avslöjats av flera anpassningar. Dessa sju familjer har medelstorlekar på 110, 96, 105, 112, 143, 159 respektive 108 aminoacylrester (aas). Lägg märke till att den enda familjen med medlemmar som förutspås ha bara två TMS är den som innehåller de största homologerna; detta beror på hydrofila förlängningar. Den genomsnittliga storleken på proteiner i hela superfamiljen är 114 aas med en standardavvikelse o 23 aas.
Se även
