Heteroduplexanalys

Heteroduplexer och homoduplexer bildade efter amplifiering och återannealing av vildtyps- och mutantalleler

Heteroduplexanalys (HDA) är en metod inom biokemin som använts för att detektera punktmutationer i DNA sedan 1992. Heteroduplexer är dsDNA- molekyler som har ett eller flera felmatchade par, å andra sidan är homoduplex dsDNA som är perfekt parade. Denna analysmetod beror på det faktum att heteroduplexer visar minskad rörlighet i förhållande till homoduplex-DNA. heteroduplexer bildas mellan olika DNA-alleler. I en blandning av vildtyp och mutant amplifierat DNA bildas heteroduplexer i mutanta alleler och homoduplexer bildas i vildtypsalleler. Det finns två typer av heteroduplex baserat på typ och omfattning av mutation i DNA. Små deletioner eller insättning skapar heteroduplexer av bulgetyp som är stabila och verifieras med elektronmikroskop. Enkelbassubstitutioner skapar mer instabila heteroduplexer som kallas heteroduplexer av bubbeltyp, på grund av låg stabilitet är det svårt att visualisera i elektronmikroskopi. HDA används i stor utsträckning för snabb screening av mutation av 3 bp p.F508del-deletionen i CFTR-genen.

^ ^a ^b J. Wallace, Andrew (2002). "SSCP/Heteroduplexanalys" . I DM Theophilus, Bimal; Rapley, Ralph (red.). PCR-mutationsdetektionsprotokoll . Totowa, New Jersey: Humana Press, Totowa, New Jersey. s. 151-164 . ISBN 0896036170 .
^ Glavač, Damjan; Dean, Michael (1996), Pfeifer, Gerd P. (red.), "Heteroduplex Analysis", Technologies for Detection of DNA Damage and Mutations , Springer US, s. 241–251, doi : 10.1007/978-1-4899- 0301-3_18 , ISBN 978-1-4899-0301-3
^ F. El-Yazbi, Amira; Wong, Alysha; R. Loppnow, Glen (2017). "En självlysande sond av felaktig DNA-hybridisering: Plats och antal felmatchningar". Analytica Chimica Acta . 994 : 92–99. doi : 10.1002/0471142905.hg0703s33 . PMID 18428333 . S2CID 23375627 .
^ Vit Marga Belle; Carvalho, Magda; Derse, David; O'Brien, Stephen J.; Dean, Michael (1992-02-01). "Detektera singelbassubstitutioner som heteroduplexpolymorfismer". Genomik . 12 (2): 301–306. doi : 10.1016/0888-7543(92)90377-5 . ISSN 0888-7543 . PMID 1740339 .
^ ^a ^b Menounos, Panayiotis G.; Patrinos, George P. (2010-01-01), Patrinos, George P.; Ansorge, Wilhelm J. (red.), "Kapitel 4 - Mutation Detection by Single Strand Conformation Polymorphism and Heteroduplex Analysis", Molecular Diagnostics (andra upplagan) , Academic Press, s. 45–58, doi : 10.1016/b978-0- 12-374537-8.00004-3 , ISBN 978-0-12-374537-8 , hämtad 2019-12-02
^ ^a ^b Wang, YH; Barker, P.; Griffith, J. (1992-03-05). "Visualisering av diagnostiska heteroduplex-DNA från cystisk fibros-deletionsheterozygoter ger en uppskattning av veckningen av DNA av utbuktade baser. " Journal of Biological Chemistry . 267 (7): 4911–4915. doi : 10.1016/S0021-9258(18)42917-1 . ISSN 0021-9258 . PMID 1537869 .

[:0-1] J. Wallace, Andrew (2002). "SSCP/Heteroduplexanalys" . I DM Theophilus, Bimal; Rapley, Ralph (red.). PCR-mutationsdetektionsprotokoll . Totowa, New Jersey: Humana Press, Totowa, New Jersey. s. 151-164 . ISBN 0896036170 .

[2] Glavač, Damjan; Dean, Michael (1996), Pfeifer, Gerd P. (red.), "Heteroduplex Analysis", Technologies for Detection of DNA Damage and Mutations , Springer US, s. 241–251, doi : 10.1007/978-1-4899- 0301-3_18 , ISBN 978-1-4899-0301-3

[3] F. El-Yazbi, Amira; Wong, Alysha; R. Loppnow, Glen (2017). "En självlysande sond av felaktig DNA-hybridisering: Plats och antal felmatchningar". Analytica Chimica Acta . 994 : 92–99. doi : 10.1002/0471142905.hg0703s33 . PMID 18428333 . S2CID 23375627 .

[4] Vit Marga Belle; Carvalho, Magda; Derse, David; O'Brien, Stephen J.; Dean, Michael (1992-02-01). "Detektera singelbassubstitutioner som heteroduplexpolymorfismer". Genomik . 12 (2): 301–306. doi : 10.1016/0888-7543(92)90377-5 . ISSN 0888-7543 . PMID 1740339 .

[:1-5] Menounos, Panayiotis G.; Patrinos, George P. (2010-01-01), Patrinos, George P.; Ansorge, Wilhelm J. (red.), "Kapitel 4 - Mutation Detection by Single Strand Conformation Polymorphism and Heteroduplex Analysis", Molecular Diagnostics (andra upplagan) , Academic Press, s. 45–58, doi : 10.1016/b978-0- 12-374537-8.00004-3 , ISBN 978-0-12-374537-8 , hämtad 2019-12-02

[:2-6] Wang, YH; Barker, P.; Griffith, J. (1992-03-05). "Visualisering av diagnostiska heteroduplex-DNA från cystisk fibros-deletionsheterozygoter ger en uppskattning av veckningen av DNA av utbuktade baser. " Journal of Biological Chemistry . 267 (7): 4911–4915. doi : 10.1016/S0021-9258(18)42917-1 . ISSN 0021-9258 . PMID 1537869 .