Glycin riboswitch
| Glycin | |
|---|---|
 Consensus sekundär struktur och sekvenskonservering av Glycine riboswitch
| |
| Identifiers | |
| Symbol | Glycin |
| Rfam | RF00504 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg ; Riboswitch |
| GÅ | GO:0006545 |
| SÅ | SO:0000035 |
| PDB- strukturer | PDBe |
Den bakteriella glycinriboswitchen är ett RNA-element som kan binda aminosyran glycin . Glycinriboswitch består vanligtvis av två metabolitbindande aptamerdomäner med liknande strukturer i tandem . Aptamererna ansågs ursprungligen samverka binda glycin för att reglera uttrycket av nedströms gener. I Bacillus subtilis finns denna riboswitch uppströms om gcvT -operonet som kontrollerar glycinnedbrytning . Man tror att när glycin är i överskott kommer det att binda till båda aptamererna för att aktivera dessa gener och underlätta glycinnedbrytning.
Den ursprungligen upptäckta, trunkerade versionen av glycinriboswitchen uppvisar sigmoidala bindningskurvor med Hill-koefficienter större än en, vilket ledde till idén om positiv samverkan mellan de två aptamerdomänerna. Data från 2012 visar att kooperativ bindning inte sker i switchen med dess utökade 5'-ledare, även om syftet med switchens dubbla aptamerer fortfarande är osäkert.
Atomupplösningsstrukturer för delar av glycinriboswitchar har erhållits genom röntgenkristallografi .
In vivo -experiment visade att glycin inte behöver binda båda aptamererna för reglering. Mutation till den första aptameren orsakade störst minskning av nedströms genuttryck, medan mutation till den andra hade varierande effekter. Glycininducerat uttryck av gcvT -operonet behövs för B. subtilisera tillväxt, svärmande motilitet och biofilmbildning (i hög glycinmiljö).