Genostar
 | |
| Typ | Privatägt företag |
|---|---|
| Industri | Bioinformatik |
| Grundad | 2004 |
| Huvudkontor | , |
| Produkter | Programvara och databas |
| Hemsida | http://www.genostar.com |
Genostar är en bioinformatikleverantör baserad i Grenoble , Frankrike . Företaget grundades 2004 efter "Genostar-konsortiet" som skapades 1999 som ett offentligt-privat konsortium av Genome Express, Hybrigenics, INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et Automatique / French National Institute for Research in Computer Science and Control ) och Pasteurinstitutet .
programvara
Metabolic Pathway Builder är en bioinformatikmiljö dedikerad till mikrobiell forskning. Detta omfattar sekvenssammansättning , kartläggning, annoteringsöverföring och identifiering av proteindomäner , jämförande genomik , strukturella sökningar, analys av metabola vägar , modellering och simulering av biologiska nätverk. Genostars mjukvara är plattformsoberoende och kan därför användas för både Mac OS X , Windows och Linux .
Sekvensmontering
- Kartläggning av en ensemble av sekvenser på en referenssekvens
- mellan en referenssekvens och kontiger, mellan två sekvenser eller mellan två uppsättningar av sekvenser
- hitta exakta matchningar med minsta längd med MUMmer
- detektion av specifika regioner och SNP
- skapande av en sammansatt sekvens i förhållande till referenssekvenser
Genomisk anteckning
- Genprediktion: ab-initio-genprediktion med hjälp av en Hidden Markov- modellbaserad metod
- BlastX
- Automatisk anteckningsöverföring med BlastP
Proteisk anteckning
Metabolic Pathway Builder integrerar flera metoder dedikerade till proteinannotering:
Expression Data Solution (EDS)
Genostars Expression Data Solution (EDS) kopplar mikroarraydata till gener, genprodukter och biokemiska reaktioner, baserat på nyckelord och kommentarer. Denna programvara tillåter att:
- Tilldela uttrycksvärden till gennamnen och ID:n
- Identifiera samuttryckta gener och analysera visuellt de reaktioner och metaboliska vägar där de är involverade
- Identifiera och utföra analys av samreglerade gener i termer av genomisk lokalisering, funktionell annotering och metabolism
- Färglägg CDS:er av intresse i genomiska kartor enligt deras uttrycksvärden och markera motsvarande reaktioner i interaktiva metaboliska KEGG - kartor
- Analysera betydelsen av funktionella data för en samling eller undersamling av CDS ( GO , KEGG och mer): Fisher test
- Samla in och visualisera all funktionell data i exporterbara tabeller och kartor
Databas
Genostars MicroB-databas består av genomisk, protein-, biokemisk och metabolisk data från cirka 1100 bakterie- och arkeala organ.
Partners
- INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et Automatique / French National Institute for Research in Computer Science and Control)
- Schweiziska institutet för bioinformatik
- ChemAxon