FlyExpress
 | |
| Stabil frisättning | v7 |
|---|---|
| Typ | Bioinformatik |
| Licens | Gratisprogram |
| Hemsida | |
FlyExpress är en gratis databas som samlar uttrycksmönster för Drosophila melanogaster i embryogenes via en serie bilder som skickats in från BDGP, Fly-FISH och publikationer från andra forskare, innehållande över 100 000 bilder av över 4 000 gener. Den är för närvarande tillgänglig gratis både online och som en iPhone -applikation.
Historia
FlyExpress utvecklades av Center of Evolutionary Medicine and Informatics vid Biodesign Institute of Arizona State University och släpptes 2011 med finansiering och stöd från ett NIH -anslag.
Funktioner
De primära bilderna som är tillgängliga i FlyExpress är GEMs, eller Genome-wide Expression Maps, som visar de rumsliga mönstren för gener under ett tillstånd av flugutveckling via värmekartor. Dessa ger inte bara en visuell ledtråd om var dessa gener uttrycks, utan också hur många av dem som uttrycks i samma närhet, eftersom de mörkare områdena i värmekartan korrelerar med ett högre uttryckt genantal.
Vid sökning efter bilder (med ett gennamn, PubMed ID, bild-ID eller vissa nyckelord), visas en serie GEMs från de två databaserna för genens inkludering i fallande stadier och vyer av embryot. Olika detaljer, såsom embryots källa och experimentella protokoll, visas också. Alla uttrycksmönster återspeglar vildtypsallelen för genen.
Att kategorisera gener som bilder tillåter inte bara visualisering för att förstå genens inflytande, utan också kontrastera mönstren mellan flera olika gener. FlyExpress har en primär funktion att söka mellan bilder efter liknande uttrycksmönster med hjälp av en specificerad rumslig profil via Basic Expression Search Tool for Images (eller BESTi), vilket tar fram alla bilder och gener som passar mönstrets kriterier. Vissa klassificeringar och platser för uttryck av gener kan också sökas i BDGP- och Fly-FISH-databaserna för att få liknande resultat utan att specificera en speciell gen till att börja med. Att söka mellan GEM tenderar att ge bättre resultat än att söka gener genom textkriterier, som kanske inte alltid innehåller allomfattande textkommentarer och märkning och därmed listar ett färre antal överlappande gener vid sökningar.