Endoribonukleas-beredd siRNA

esiRNA eller Endoribonukleas-beredda siRNA är en blandning av siRNA -oligos som härrör från klyvning av lång dubbelsträngat RNA ( dsRNA ) med ett endoribonukleas såsom Escherichia coli RNase III eller Dicer .

Ett alternativt koncept till användningen av kemiskt syntetiserat siRNA för RNA-interferens ( RNAi ) är den enzymatiska nedbrytningen av långa dubbelsträngade RNA in vitro. I detta fall amplifieras en cDNA- mall med PCR och märks med två bakteriofagpromotorsekvenser. RNA-polymeras används sedan för att generera lång dubbelsträngat RNA som är homologt med målgenens cDNA. Detta RNA digereras därefter med RNas III från Escherichia coli för att generera korta överlappande fragment av siRNA med en längd mellan 18-25 baspar. Denna komplexa blandning av korta dubbelsträngade RNA:n liknar den blandning som genereras av Dicer-klyvning in vivo och kallas därför för endoribonukleaspreparerad siRNA eller kort esiRNA. esiRNA är en heterogen blandning av siRNA som alla riktar sig mot samma mRNA-sekvens. Dessa multipla tystnadstriggers leder till mycket specifik och effektiv gentystnad.

Lawo et al. HAUS, det mänskliga Augmin-komplexet med 8 underenheter, reglerar integriteten av centrosomen och spindeln. Curr Biol. 2009; 19:816-26 (2009). [1]
Ding et al. En RNAi-skärm i genomskala för Oct4-modulatorer definierar en roll för Paf1-komplexet för embryonal stamcellsidentitet. Cellstamcell. apr (2009) [2]
Theis et al. Jämförande profilering identifierar C13orf3 som en komponent i Ska-komplexet som krävs för celldelning hos däggdjur. EMBO J. 23 april (2009). [3]
Stewart; et al. (2009). "RIDDLE-syndromproteinet förmedlar en ubiquitin-beroende signaleringskaskad vid platser för DNA-skada" . Cell . 136 (3): 420–34. doi : 10.1016/j.cell.2008.12.042 . PMID 19203578 . S2CID 12683637 .
Kittler, R.; et al. (2007). "Genomskalig RNAi-profilering av celldelning i mänskliga vävnadskulturceller". Nat. Cell Biol . 9 (12): 1401–12. doi : 10.1038/ncb1659 . PMID 17994010 . S2CID 22304252 .
Kittler, R.; et al. (2007). "Genomomfattande resurser av endoribonukleas-beredda korta störande RNA för specifika studier med förlust av funktion". Nat. Metoder . 4 (4): 337–44. doi : 10.1038/nmeth1025 . PMID 17351622 . S2CID 8554458 .
Konstantinova; et al. (2007). "EphA-Ephrin-A-medierad betacellskommunikation reglerar insulinutsöndringen från pankreatiska öar" . Cell . 129 (2): 359–70. doi : 10.1016/j.cell.2007.02.044 . PMID 17448994 . S2CID 8701076 .
Nikolova; et al. (2006). "Det vaskulära basalmembranet: en nisch för insulingenuttryck och betacellsproliferation" . Dev Cell . 10 (3): 397–405. doi : 10.1016/j.devcel.2006.01.015 . PMID 16516842 .
Kittler; et al. (2005). "RNA-interferensräddning genom bakteriell konstgjord kromosomtransgenes i däggdjursvävnadsodlingsceller" . Proc Natl Acad Sci USA . 102 (7): 2396–401. Bibcode : 2005PNAS..102.2396K . doi : 10.1073/pnas.0409861102 . PMC 548992 . PMID 15695330 .
Liu, WY; et al. (2005). "Effektiv RNA-interferens i zebrafiskembryon med hjälp av syntetiserade med SP6 RNA-polymeras" . Dev Growth Differ . 47 (5): 323–31. doi : 10.1111/j.1440-169x.2005.00807.x . PMID 16026540 .
Kittler, R.; et al. (2004). "En endoribonukleaspreparerad siRNA-screening i mänskliga celler identifierar gener som är nödvändiga för celldelning". Naturen . 432 (7020): 1036–40. Bibcode : 2004Natur.432.1036K . doi : 10.1038/nature03159 . PMID 15616564 . S2CID 4372785 .
Yang, D.; et al. (2002). "Korta RNA-duplex producerade genom hydrolys med Escherichia coli RNase III förmedlar effektiv RNA-interferens i däggdjursceller" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (15): 9942–7. Bibcode : 2002PNAS...99.9942Y . doi : 10.1073/pnas.152327299 . PMC 126604 . PMID 12096193 .

externa länkar