Diskret optimerad proteinenergi

Den här artikeln handlar om metoden för bedömning av proteinstruktur. För annan användning, se Dope (disambiguation) .

DOPE , eller D iskret optimerad proteinenergi , är en statistisk potential som används för att bedöma homologimodeller vid förutsägelse av proteinstruktur . DOPE är baserat på ett förbättrat referenstillstånd som motsvarar icke-interagerande atomer i en homogen sfär med radien beroende av en inhemsk provstruktur; den står alltså för den ändliga och sfäriska formen hos de inhemska strukturerna. Det implementeras i det populära homologimodelleringsprogrammet MODELLER och används för att bedöma energin hos proteinmodellen som genereras genom många iterationer av MODELLER, som producerar homologimodeller genom att tillfredsställa rumsliga begränsningar. De modeller som returnerar minsta molpdfs kan väljas som bäst sannolika strukturer och kan användas vidare för att utvärdera med DOPE-poängen. Liksom den nuvarande versionen av MODELLER-mjukvaran är DOPE implementerat i Python och körs i MODELLER-miljön. DOPE-metoden används i allmänhet för att bedöma kvaliteten på en strukturmodell som helhet. Alternativt kan DOPE också generera en rest-för-rest-energiprofil för ingångsmodellen, vilket gör det möjligt för användaren att upptäcka det problematiska området i strukturmodellen.

externa länkar

• MODELLERs huvudsida
• MODELLER manual