Däggdjurspromotordatabas

MPromDb
Innehåll
Beskrivning	annotering och visualisering av däggdjursgenpromotorer och ChIP-seq experimentella data .
Kontakt
Laboratorium	Center for Systems and Computational Biology , Molecular and Cellular Oncogenesis Program, Wistar Institute , Philadelphia, PA, USA.
Författare	Ravi Gupta
Primärt citat	Gupta & al. (2011)
Utgivningsdatum	2010
Tillgång
Hemsida	http://bioinformatics.wistar.upenn.edu/MPromDb/

Mammalian Promoter Database ( MPromDb ) är en kurerad databas med genpromotorer identifierade från ChIP-seq . Den proximala promotorregionen (uppströms om kärnpromotorregionen ) innehåller de cis-regulatoriska elementen för de flesta av transkriptionsfaktorerna (TF).

Nyligen har ett bättre tillvägagångssätt för att kommentera aktiva promotorer visats med en kombination av ChIP-seq och beräkningsteknik . Denna teknik har använts för att hitta målgener för TFs i däggdjurssystem . MPromDb är baserad på denna teknik. Kurerade promotorsekvenser för eukaryota organismer tillhandahålls av en EPD-databas; dock erbjuds inte information om promotoraktivitet på vävnads- / cellcentrerad nivå.

MPromDb-databasen lade till aktiva RNAP-II- promotorer identifierade efter att ha analyserat tio olika muscell/vävnads- ChIP -seq-experiment utförda med RNAP-II- antikroppar och sex olika humana celltyper . Uppgifterna inhämtades genom en serie beräkningsmetoder följt av manuell korrigering för att säkerställa dess höga kvalitet. I den senaste versionen av MPromDb har cirka 507 miljoner unikt anpassade RNA Pol-II ChIP-seq-avläsningar redan analyserats från 26 olika databaser, inklusive sex mänskliga celltyper och 10 distinkta musceller/vävnader.

externa länkar