Chimera (molekylärbiologi)
Inom molekylärbiologi , och ännu viktigare DNA-sekvensering med hög genomströmning, är en chimär en enda DNA-sekvens som uppstår när flera transkript eller DNA-sekvenser sammanfogas. Det kan förekomma i olika sammanhang. Chimära avläsningar anses allmänt vara artefakter i sekvenseringstillämpningar (såsom amplikonsekvensering ) och filtreras bort från data under bearbetning för att förhindra falska slutsatser av biologisk variation. I ett annat sammanhang kan det avsiktliga skapandet av artificiella chimärer också vara ett användbart verktyg inom molekylärbiologin. Till exempel, inom proteinteknik är "chimeragenes (bildar chimärer mellan proteiner som kodas av homologa cDNA )" en av de "två huvudtekniker som används för att manipulera cDNA-sekvenser". För genfusioner som sker genom naturliga processer, se chimära gener och fusionsgener .
Beskrivning
Avskrift chimär
En chimär kan förekomma som en enda cDNA- sekvens som härrör från två transkript . Det anses vanligtvis vara en kontaminant i transkript och uttryckt sekvenstagg (vilket resulterar i monikern av EST chimera ) databaser. Det uppskattas att cirka 1 % av alla transkript i National Center for Biotechnology Informations Unigene-databas innehåller en "chimär sekvens".
PCR chimär
En chimär kan också vara en artefakt av PCR- amplifiering. Det inträffar när förlängningen av ett amplikon avbryts och den avbrutna produkten fungerar som en primer i nästa PCR-cykel. Den avbrutna produkten härdar till fel mall och fortsätter att utökas, och syntetiserar därigenom en enda sekvens från två olika mallar.
PCR-chimärer är en viktig fråga att ta hänsyn till under metabarcoding , där DNA-sekvenser från miljöprover används för att bestämma biologisk mångfald. En chimär är en ny sekvens som med största sannolikhet inte kommer att matcha någon känd organism. Därför kan det tolkas som en ny art och därmed överblåsa mångfalden.
Chimär läsning
En chimär avläsning är en digital DNA-sekvens (dvs. en sträng av bokstäver i en fil som kan läsas som en DNA-sekvens) som härstammar från en verklig chimär (dvs. en fysisk DNA-sekvens i ett prov) eller produceras på grund av felläsning av provet . Det senare är känt för att inträffa med sekvensering av elektroforesgeler . Chimära avläsningar är vanliga med amplikonsekvenseringstillämpningar såsom 16S rRNA-gensekvensering , eftersom närbesläktade sekvenser amplifieras. Den vanligaste mekanismen är att ofullständig förlängning under PCR resulterar i partiella sekvenssträngar som kan fungera som primers i efterföljande PCR-cykler på liknande men icke identiska sekvenser. Förlängning av sådana hybridprimande händelser orsakar bildandet av chimära sekvenser.
Vissa beräkningsmetoder har utarbetats för att upptäcka och ta bort chimärer, som:
- CHECK_CHIMERA från Ribosomal Database Project
- ChimeraSlayer i QIIME
- uchime i usearch
- removeBimeraDenovo() i dada2
- Bellerophon
- Fånga
- DECHIFFRERA
Exempel
- "Det första mRNA-transkriptet isolerat för..." den mänskliga genen C2orf3 "...var en del av en artificiell chimär..."
- CYP2C17 ansågs vara en mänsklig gen, men "... anses nu vara en artefakt baserad på en chimär av CYP2C18 och CYP2C19."
- Forskare har skapat receptorchimärer i sina studier av Oncostatin M .
