Chematica

Chematica
Utvecklare	Elizabeth Wylie, Matthew Wampler-Doty, Ling Su, Andrea Cadeddu, Aaron Oppenheimer, Patrick Fuller, Malous Kossarian, Chris Gothard, Nosheen Gothard, Kamel Meguellati, Mikolaj Kowalik, Kyle Bishop, Bartosz Grzybowski
Initial release	N/A
Skrivet i	Python , Java , C++ , CoffeeScript
Plattform	Cross-plattform
Tillgänglig i	engelsk
Typ	Datoralgebra , numeriska beräkningar , Informationsvisualisering , statistik , skapande av användargränssnitt
Licens	Proprietär

Chematica är en programvara som använder algoritmer och en samlad databas för att förutsäga syntesvägar för molekyler. Mjukvaruutvecklingen, ledd av Bartosz A. Grzybowski, publicerades slutligen i augusti 2012.

Under 2017 köptes programvaran och databasen helt av Merck KGaA | MRK. Mjukvaran har gjorts tillgänglig kommersiellt sedan förvärvet som Synthia.

Funktioner

Mjukvaran designades för att kombinera långa syntesvägar till kortare och mer ekonomiska vägar . Programvaran kompletterar andra försök som manuell sökning eller halvautomatiska sökverktyg.

En molekyl kan specificeras på flera sätt, inklusive sökning efter Beilstein-registernummer , CAS-registernummer , kemiskt namn, SMILES -struktur eller genom att rita själva molekyldiagrammet. Det stöder optimering av reaktioner efter kostnad. Programmet stöder även 3D-modellering av enskilda molekyler, samt märkning av funktionella grupper.

Programmet noterar även reglerade och oreglerade föreningar, och använder specialiserade algoritmer som undviker dessa. Den ger också klassificeringen och skälen till regleringen.

^ Merck KGaA köper Chematica , av Andy Extance, på ChemistryWorld; publicerad 12 maj 2017; hämtad 1 januari 2019
^ Klucznik, Tomasz; Mikulak-Klucznik, Barbara; McCormack, Michael P.; Lima, Heather; Szymkuć, Sara; Bhowmick, Manishabrata; Molga, Karol; Zhou, Yubai; Rickershauser, Lindsey; Gajewska, Ewa P.; Toutchkine, Alexei (mars 2018). "Effektiva synteser av olika, medicinskt relevanta mål planerade av dator och utförda i laboratoriet" . Chem . 4 (3): 522–532. doi : 10.1016/j.chempr.2018.02.002 . ISSN 2451-9294 .
^ Synthia
^ Fellman, Megan. "Nordvästra forskare skapar kemisk hjärna" . Northwestern University Press . Hämtad 25 augusti 2012 .
^ Grzybowski, Bartosz A.; Kyle JM biskop; Mikołaj Kowalik; Chris M. Gothard; Aaron M. Drews; Nosheen A. Gothard; Alex Weckiewicz; Patrick E. Fuller (augusti 2012). "Parallell optimering av syntetiska vägar inom nätverket för organisk kemi". Angew. Chem. Int. Ed . 51 (32): 7928–7932. doi : 10.1002/anie.201202209 . PMID 22807100 .
^ ^a ^b ^c Chematica-demonstration . maj 2012. Hämtad 2013-04-09 .

[MRK-1] Merck KGaA köper Chematica , av Andy Extance, på ChemistryWorld; publicerad 12 maj 2017; hämtad 1 januari 2019

[2] Klucznik, Tomasz; Mikulak-Klucznik, Barbara; McCormack, Michael P.; Lima, Heather; Szymkuć, Sara; Bhowmick, Manishabrata; Molga, Karol; Zhou, Yubai; Rickershauser, Lindsey; Gajewska, Ewa P.; Toutchkine, Alexei (mars 2018). "Effektiva synteser av olika, medicinskt relevanta mål planerade av dator och utförda i laboratoriet" . Chem . 4 (3): 522–532. doi : 10.1016/j.chempr.2018.02.002 . ISSN 2451-9294 .

[3] Synthia

[northwestern-ref-4] Fellman, Megan. "Nordvästra forskare skapar kemisk hjärna" . Northwestern University Press . Hämtad 25 augusti 2012 .

[AngewChemIntEd_51_7928-5] Grzybowski, Bartosz A.; Kyle JM biskop; Mikołaj Kowalik; Chris M. Gothard; Aaron M. Drews; Nosheen A. Gothard; Alex Weckiewicz; Patrick E. Fuller (augusti 2012). "Parallell optimering av syntetiska vägar inom nätverket för organisk kemi". Angew. Chem. Int. Ed . 51 (32): 7928–7932. doi : 10.1002/anie.201202209 . PMID 22807100 .

[2012_Demo-6] Chematica-demonstration . maj 2012. Hämtad 2013-04-09 .