CarA ncRNA-motiv
| carA | |
|---|---|
 Konsensus sekundär struktur och sekvenskonservering av carA ncRNA
| |
| motividentifierare | |
| Symbol | bilA |
| Rfam | RF04192 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg |
| GÅ | GO:0010468 |
| SÅ | SO:0000370 |
| PDB- strukturer | PDBe |
Det icke-kodande RNA:t för carA (ncRNA) är ett RNA- motiv som föreslås som en Strong Riboswitch Candidate (SRC). CarA ncRNA har identifierats genom en jämförande sekvensanalys i GC-rika intergena regioner (IGR) av bakterier, med hjälp av ett pipeline call Discovery of Intergenic Motifs PipeLine ( DIMPL ). CarA ncRNA var lokaliserat uppströms om carA -genen som kodar för den lilla subenheten av karbamoylfosfatsyntas , vilket är ett enzym som katalyserar det första engagerade steget i pyrimidin- och argininbiosyntesen . CarA ncRNA har hittats i bakterier av klassen beta-proteobakterier , särskilt i släktet Polynukleobakter . Dess föreslagna sekundära struktur består av en utökad imperfekt hårnål som är omedelbart uppströms om det förutsagda ribosombindningsstället (RBS) i den intilliggande öppna läsramen (ORF), vilket tyder på en möjlig cis-regulatorisk funktion där ligandbindning reglerar translationsinitiering . CarA ncRNA-motiv, rapporterades två gånger, carA kändes igen i Polynucleobacter necessarius- genomet och carA-2 i ett genom av Beta proteobacterium CB .
externa länkar