CRISPR/Cas-verktyg

CRISPR-Cas designverktyg är mjukvaruplattformar och bioinformatikverktyg som används för att underlätta utformningen av guide-RNA (gRNA) för användning med CRISPR/Cas- genredigeringssystemet.

CRISPR-Cas

CRISPR/Cas (klustrade regelbundet mellanrum korta palindromiska upprepningar/CRISPR-associerade nukleaser) upptäcktes ursprungligen vara en förvärvad immunsvarsmekanism som används av arkéer och bakterier . Det har sedan antagits för användning som ett verktyg i gentekniken av högre organismer.

Att designa ett lämpligt gRNA är en viktig del av genomredigering med CRISPR/Cas-systemet. Ett gRNA kan och har ibland oavsiktliga interaktioner ("off-targets") med andra platser i genomet av intresse. För en given kandidat-gRNA rapporterar dessa verktyg sin lista över potentiella off-targets i genomet, vilket gör det möjligt för designern att utvärdera dess lämplighet innan de påbörjar några experiment.

Forskare har också börjat utforska mekaniken i CRISPR/Cas-systemet och vad som styr hur bra, eller aktivt, ett gRNA är på att styra Cas-nukleaset till en specifik plats i genomet av intresse. Som ett resultat av detta arbete har nya metoder för att bedöma ett gRNA för dess "aktivitet" publicerats, och det är nu bästa praxis att överväga både de oavsiktliga interaktionerna av ett gRNA såväl som den förutspådda aktiviteten av ett gRNA i designstadiet .

Tabell

Tabellen nedan visar tillgängliga verktyg och deras attribut.

Lista över CRISPR-Cas designverktyg
Verktygets namn	Leverantör	Söker hela genomet efter mål	Returnerar alla mål i genomet	Fröspann och placering kan definieras	Maximalt antal felmatchningar stöds	Förutsäger gRNA-aktivitet	Tillgängliga Protospacer adjacent motiv (PAM) -sekvenser	Anteckning redovisas	gRNA-förslag eller poängsättning	Referenser
CRISPRon, CRISPRoff	Centrum för icke-kodande RNA i teknik och hälsa, Köpenhamns universitet	Ja	Ja	Ja	Allt	Ja	NGG, NGA, NAG	Ja	Ja	,
Invitrogen TrueDesign Genome Editor	Thermo Fisher Scientific	Ja	Ja	Nej	3	Nej	NGG	Ja	Ja
Breaking-Cas	Spanska National Center for Biotechnology	Ja (över 1000 genom)	Ja	Ja (i vikt)	4	Nej	Användaren kan anpassas	Ja	Ja
Cas-OFFinder	Seouls nationella universitet	Ja	Ja	Nej	0-10	Nej	NGG, NRG, NNAGAAW, NNNNGMTT	Nej	Ja
GJUTNING	Caagle	Ja	Ja	Nej	3	Nej	NGG och NAG	Nej	Ja
Krispig	Danmarks Tekniska Universitet	Ja	Ja	Nej	Allt	Nej	NGG	Ja	Ja
CCtop	Universitetet i Heidelberg	Ja	Ja	Partiell	5 (0-5)	Ja	NGG, NRG, NNGRRT, NNNNGATT, NNAGAAW, NAAAAC	Ja	Ja
CHOPCHOP	Harvard Universitet	Ja	Ja	Partiell	0, 2	Nej	NGG, NNAGAA, NNNNGANN	Nej	Ja
CHOPCHOP v2	Universitetet i Bergen	Ja	Ja	Ja	3 (0-3)	Ja	Användaren kan anpassas	Ja	Ja
CRISPOR	University of California, Santa Cruz TEFOR	Ja (över 200 genom)	Ja	Nej	4	Ja	NGG, NGA, NGCG, NNAGAA, NGGNG, NNGRRT, NNNRRT, NNNNGMTT, NNNNACA, TTTN	Ja	Ja
CRISPR design	Zhang Lab, MIT	Ja	Nej	Nej	4	Nej	NGG och NAG	mRNA exoner	Ja
CRISPRdirect	Databas Center for Life Science (DBCLS)	Ja (över 200 arter)	Ja	Nej	Vilket nummer som helst	Nej	NNN	Ja	Ja
CRISPRscan	Giraldez Lab, Yale	Ja	Ja	Nej	4	Ja	NGG, TTTV, TTTN	Ja	Ja
CRISPRseek	Bioledare	Ja	Ja	Nej	Vilket nummer som helst	Nej	Användaren kan anpassas	mRNA exoner	Ja
DESKGEN	Desktop Genetik	Ja	Ja	Ja	Vilket nummer som helst	Ja	Helt användaranpassningsbar	Ja	Ja
GuideScan	GuideScan	Ja	Ja	Ja	3 på webbplatsen och anpassningsbar med kommandoraden	Ja	NGG/NAG på webbplatsen och anpassningsbar med kommandoraden	Ja	Ja
GT-Scan	CSIRO & EMBL-ABR	Ja	Ja	Ja	3 (0-3)	Nej	Användaren kan anpassas	Länkar till Ensembl genome webbläsare	Ja
Off-Spotter	Thomas Jefferson University	Ja	Ja	Ja	0-5		NGG, NAG, NNNNACA, NNGRRT (R är A eller G)	mRNA -exoner , osplitsad mRNA, mRNA, 5'UTR , CDS , 3'UTR , osplicerad lincRNA , lincRNA	Användaren kan anpassas
sgRNA designer	Breda Institutet	Nej	Nej	Nej	0	Ja	NGG	CDS (om du söker efter transkriptions-ID)	Ja
Synthego Design Tool	Synthego	Ja (över 120 000 genom)	Nej (optimerad för knockout)	Ja	3	Ja	NGG	Ja (RefSeq, Ensembl, Gencode)	Ja
TOSCAN	CSIRO	Nej	Nej	Nej	0	Ja	NGG	Nej	Ja
VARSCOT	CSIRO	Ja	Ja	Nej	0-8	Ja	Användaren kan anpassas	Nej	Ja
CRISPR riktad gendesigner	Horizon Discovery ^{[ permanent död länk ]}	Ja, flera	ja	ja	4	Ja	NGG, NNGRRT, YTTV, annat	Ja	Ja	(21)
GuideMaker	United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service	Ja, genomet som tillhandahålls av alla användare	Ja	Ja	0-5	Ja	Vilken PAM-plats som helst och PAM-orientering	Ja	Ja