COPASI
| Initial release | 11 oktober 2004 |
|---|---|
| Stabil frisättning | 4,25 (Build 207) / 15 mars 2019
|
| Förvar | |
| Skrivet i | C++ |
| Operativ system | Linux , macOS och Microsoft Windows |
| Plattform | Qt |
| Licens | Konstnärlig licens |
| Hemsida | copasi.org |
COPASI (COMplex PAthway SImulator) är en mjukvaruapplikation med öppen källkod för att skapa och lösa matematiska modeller av biologiska processer som metaboliska nätverk, cellsignaleringsvägar, regulatoriska nätverk, infektionssjukdomar och många andra.
Historia
COPASI är baserat på simuleringsmjukvaran Gepasi som utvecklades i början av 1990-talet av Pedro Mendes . Den första utvecklingen av COPASI finansierades av Virginia Bioinformatics Institute och Klaus Tschira Foundation . Pågående utvecklingsinsatser stöds av anslag från National Institutes of Health, BBSRC och det tyska utbildningsministeriet.
Utvecklingsteam
COPASI är resultatet av ett internationellt samarbete mellan University of Manchester (UK), University of Heidelberg (Tyskland) och Virginia Bioinformatics Institute (USA). Projektets huvudutredare är Pedro Mendes och Ursula Kummer. De främsta mjukvaruarkitekterna är Stefan Hoops och Sven Sahle.
Funktioner
COPASI innehåller funktioner för att definiera modeller av biologiska processer, simulera och analysera dessa modeller, generera analysrapporter och importera/exportera modeller i SBML-format .
- Modelldefinition : Modeller definieras som kemiska reaktioner mellan molekylarter. Modellens dynamik bestäms av Rate Law associerad med individuella reaktioner. Modeller kan också inkludera fack, händelser och andra globala variabler som kan hjälpa till att specificera dynamiken i systemet.
- Uppgifter : Uppgifter är olika typer av analyser som kan utföras på en modell. De inkluderar steady-state-analys , stökiometrisk analys , tidsförloppssimulering med deterministiska och stokastiska simuleringsalgoritmer, metabolisk kontrollanalys , beräkning av Lyapunov-exponent , tidsskalseparation, parameterskanningar, optimering och parameteruppskattning.
- Importera och exportera : COPASI kan läsa modeller i SBML- format såväl som i Gepasi-format. COPASI kan skriva modeller i flera olika format inklusive SBML , källkod i programmeringsspråket C , Berkeley Madonna- filer och XPPAUT -filer.