CCDC11
Coiled-Coil Domain Containing 11 , även känd som CCDC11 är ett protein som kodas av CCDC11 -genen lokaliserad vid kromosom 18 hos människor.
Översikt
CCDC11-genen är belägen på kromosom 18q21.1 och är gjord av 39303 BP. CCDC11-proteinet består av 514 aminosyror och har en massa på 61835 Da. Dess alias inkluderar coiled-coil-domän som innehåller protein 11, FLJ32743, OTTHUMP00000163503.
Homologi
CCDC har ortologer ända tillbaka till betaproteobakterier som är en klass av proteobakterier. Följande tabell representerar ett litet urval av ortologer som hittats med sökningar i BLAST och BLAT. Detta är inte på något sätt en heltäckande lista; det visar dock mångfalden av arter att CCDC11 finns.
| Arter | Organismens vanligt namn | NCBI anslutning | Längd (AA) | Sekvensidentitet | Sekvenslikhet |
| Homo sapiens | Mänsklig | NP_659457 | 514 | 100 % | 100 % |
| Pan troglodyter | Schimpans | XP_523923.3 | 514 | 99 % | 99 % |
| Callithrix jacchus | Marmoset | XP_002757278.1 | 514 | 92 % | 95 % |
| Ailuropoda melanoleuca | Panda | XP_002939158.1 | 514 | 83 % | 91 % |
| Canis familiaris | Hund | XP_547689.3 | 514 | 82 % | 91 % |
| Bos taurus | Ko | XP_002697813.1 | 514 | 81 % | 91 % |
| Loxodonata africana | Elefant | XP_003406348.1 | 514 | 80 % | 91 % |
| Rattus norvegicus | Råtta | XP_001053914.2 | 514 | 71 % | 87 % |
| Mus musculus | Mus | NP_083224.2 | 514 | 70 % | 87 % |
| Ornithorhynchus anatinus | Platypus | XP_001509001.2 | 465 | 49 % | 72 % |
| Monodelphis domestica | Opossum | XP_001372850.2 | 507 | 47 % | 70 % |
| Xenopus tropicalis | Groda | NP_001120281.1 | 516 | 39 % | 65 % |
| Anolis carolinensis | Ödla | XP_003227331.1 | 514 | 37 % | 62 % |
| Nematostella vectensis | Havs Anemon | XP_001628275.1 | 440 | 36 % | 58 % |
| Branchiostoma floridae | Lancelet | XP_002609924.1 | 528 | 35 % | 61 % |
| Trichoplax adhaerens | Trichoplax | XP_002111027.1 | 514 | 33 % | 60 % |
| Danio rerio | Zebra fisk | NP_001038595.2 | 519 | 32 % | 58 % |
| Amphimedon queenslandica | Svamp | XP_003389146.1 | 513 | 31 % | 60 % |
Gene grannskap
Bilden nedan från NCBI visar genområdet för CCDC11 på kromosom 18. CCDC11 har metyl-CPG-bindande domänprotein 1, MBD1, uppströms och myosin VB3, MYO5B, nedströms. Alla CCDC11, MBD1 och MYO5B är negativt orienterade. Notera närheten mellan MBD1 och CCDC11.
Förutspådd post-translationell modifiering
Verktyg på webbplatsen ExPASy Proteomics förutspår följande modifieringar efter översättning:
| Verktyg | Förutspådd ändring | Homo sapiens | Mus musculus | Bos taurus |
| YinOYang | O-p-GlcNAc | T239, S510 | T239 | T239, S509, T510 |
| NetPhos | fosforylering | T8, T17, S43, S53, S56, S57, Y112, T134, S170, S240, S425, S461 | T17, S43, S53, S56, S107, Y112, S114, S170, T284, S287, S492 | T17, S56, T64, S107, T112, T122, T325, S442, S482, S507 |
Ett verktyg på ExPASy, iPSORT, visade ingen signalpeptid, men det indikerade att CCDC11 var mitokondriell. Ett annat verktyg på ExPASy, SOSUI, indikerade att proteinet var ett lösligt protein.