Bulk segregant analys

Bulk segregantanalys ( BSA ) är en teknik som används för att identifiera genetiska markörer associerade med en mutant fenotyp . Detta gör det möjligt för genetiker att upptäcka gener som ger vissa egenskaper av intresse, såsom sjukdomsresistens eller mottaglighet.

Denna teknik innebär att man bildar två grupper som visar motsatta fenotyper för en egenskap av intresse. Till exempel är individerna i en grupp resistenta mot en sjukdom, medan de i den andra gruppen inte är det. Två bulkade DNA-prover skapas sedan genom att slå samman DNA från alla individer i varje grupp.

Dessa två bulkprover kan sedan analyseras med hjälp av tekniker såsom restriktionsfragmentlängdpolymorfism eller RAPD för att detektera likheter och skillnader i genomets olika loci . De två grupperna kommer att ha en slumpmässig fördelning av alleler i alla loci av genomet förutom loci som är associerade med mutationen. En konsekvent skillnad på ett lokus mellan de två bulkproverna betyder sannolikt att lokuset är associerat med mutationen av intresse.

Generering av testgrupper

Hos djur produceras de individer som utgör de två testgrupperna vanligtvis av en korsning mellan två syskon som är heterozygota för mutationen av intresse. Användningen av syskon är nödvändig för att säkerställa att allelerna som bidrar till mutationen är desamma bland individerna.

Det måste finnas ett minimum av heterozygositet i gruppernas olika loki för att möjliggöra identifiering av generna som är associerade med egenskapen av intresse. Eftersom de flesta laboratoriestammar är inavlade, utkorsning av den homozygota muterade individen med en polymorf stam avgörande för att generera effektiva testgrupper. Avkomman korsas med varandra för att skapa testgrupper.

Analystekniker

Bulk-DNA-prover kan analyseras med Southern blotting . Användning av restriktionsenzymer eller PCR-amplifiering på DNA:t krävs för RFLP- respektive RAPD-analys. I dessa tekniker är de loci som analyseras restriktionsdigereringsställena och sekvenserna på vilka PCR-primrar fäster. Dessa platser är vanligtvis belägna i hela genomet. När väl länkade loci har detekterats kan de kartläggas och länkavstånden mellan dem bestämmas.