Bibas
BeeBase är en onlinedatabas för bioinformatik som visar data relaterad till Apis mellifera , det europeiska honungsbiet tillsammans med vissa patogener och andra arter. Den utvecklades i samarbete med Honey Bee Genome Sequencing Consortium . 2020 arkiverades den och ersattes av Hymenoptera Genome Database .
Data
Platsen är värd för genomsekvensen för apis mellifera tillsammans med de för följande patogener:
Ytterligare två arter är under analys:
I februari 2007 bestod BeeBase av en GBrowser -baserad genomvisare och en CMap -baserad] jämförande kartvisare, båda modulerna i projektet Generic Model Organism Database (GMOD). Genomtittaren inkluderade spår för kända honungsbigener, förutspådda genuppsättningar (Ensembl, NCBI, EMBL-Heidelberg), STS-markörer (Solignac- och Hunt-länkkartor), honungsbiuttryckta sekvenstaggar (EST), homologer i fruktfluga , mygga och andra insekter och flyttbara element . Honungsbiets jämförande kartvisare visade länkkartor och den fysiska kartan (genomsammansättning), och framhävde markörer som är vanliga bland kartor.
Framtida förbättringar som planeras för BeeBase är en QTL-visare och en genuttrycksdatabas . Genomsekvensen kommer att fungera som en referens för att länka dessa olika datatyper .
Biologiska data och tjänster tillgängliga på BeeBase inkluderar:
- DNA- och proteinsekvensdata _
- officiella bi- genuppsättning (utvecklad av och värd hos Beebase)
- genom webbläsare
- länkkartor
- server för att söka i honungsbiets genom med BLAST
Beebase organiserade gemenskapsanteckningen av biets genom i samarbete med Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center.
externa länkar
Se även